一、不同品种的棉种在同一苗床上播种出苗有迟有早，生产上经常会出现，不能由此断定出苗迟的品种种子质量差。这是因为不同品种播种至出苗对活动积温（等于或大于 10℃ 持续期内的日平均气温的累积值）的要求不一样，有的品种在活动积温达 80℃ 时就可以出苗，有的品种要求活动积温达 100℃ 才能出苗。另外，不同品种的棉种种壳厚薄程度有差异，吸收水分的速度也有差异。不同品种的棉种最好不要在同一苗床播种，以便一播全苗。
二、相同品种的棉种在同一苗床上出苗有好有差，多与播种前后营养钵土的湿润程度有关。一般浇水较足，能满足棉种发芽所需水分的苗床出苗较好，而同一苗床上浇水不均匀，出苗就很不一样。在浇水不足的苗床，常常棚膜两侧出苗较好，中间出苗较差。这是因为棚膜上的水蒸汽凝聚成水珠后沿着棚膜流入两侧的营养钵中，使这部分棉苗吸水较足，而苗床中间的营养钵吸水较少。因此，播后苗床要一次浇足水，促进齐苗，苗不出齐不揭开塑料薄膜。
三、 棉花苗床发生烂种，通常有三方面原因。一是种子质量不高，特别是破籽和嫩籽播后易烂种；二是用尿素作底肥，种子萌动后胚芽受灼伤易烂种；三是浇水过量。苗床发生死苗的原因，主要有生理失调、肥料浓度过高、病菌侵染、低温冷害、高温热害等，要根据实际情况具体分析。预防棉花烂种死苗，一是要购买发芽率高的棉种，剔除破籽和嫩籽；二是要用腐熟有机肥或适量复合肥作底肥，不能施用尿素；三是水分管理要适度；四是搞好钵土、盖籽土的消毒；五是棉苗子叶展开后要立即喷施杀菌剂，防止病菌侵入。
四、棉花苗床常出现的畸形苗有带壳苗、翘脚苗、胖脚苗、缩叶苗等。带壳苗一般是浇水不足，子叶未能充分膨胀褪除棉壳造成的，补充水分后子叶伸展就能脱壳。翘脚苗是播后覆土过薄引起的，通常覆土厚度达1.5厘米就可以避免出现。胖脚苗是播后覆土过深造成的，幼苗为了出土而将养分集中向幼茎基部输送，使幼茎肥大，只要覆土厚度适中就能避免出现。缩叶苗除蚜虫危害导致外，一般是真叶受冻的表现，幼苗出齐后遇寒潮要提早盖严薄膜。
