灰霉病病菌随病残体在土壤和病株上越冬，借助气流、雨水、灌溉水传播，进行初侵染和再侵染，温度高时产生菌核越夏。该病为低温高湿型病害，发病与温湿度关系密切。温度15-21℃、空气相对湿度85%以上发病重，相对湿度低于60%发病轻或不发病。夜间韭菜受冻，白天高温且湿度大，发病重。早春或秋末冬初遇连阴雨天气，相对湿度在95%以上，病害易流行。
适时通风降湿，防止棚内湿度过大，是防治该病的关键。可以根据天气情况在中午前后通风降湿，使棚内空气相对湿度降到70%以下。通风量依韭菜长势而定，不能放底风。对已发生病害的大棚，可在发病初期用药防治。
目前国内登记用于防治韭菜灰霉病的药剂主要是腐霉利制剂，如山西运城绿康实业有限公司（电话：0359-2581328）的熏克（15%腐霉利烟剂，每公顷纯药推荐用量450-750克）、山西广大化工有限公司（电话：0359-6682303）的棚富（15%腐霉利烟剂，每公顷纯药推荐用量300-750克）、河南银田精细化工有限公司（电话：0373-7275605）的棚清（15%腐霉利烟剂，每公顷纯药推荐用量562.5-787.5克）、北京晨阳植保制剂厂（电话：010-67783914，84311851）的灰核一熏净（15%腐霉利烟剂，每公顷纯药推荐用量300-750克）和陕西兵器化工研制厂（电话：029-87518766）的胜德灵（50%腐霉利可湿性粉剂，每公顷纯药推荐用量300-450克），熏得利（15%腐霉利烟剂，每公顷纯药推荐用量525-750克）。其他还有山东德州大成农药有限公司（电话：0534-2757586）的45%多·菌核可湿性粉剂（含多菌灵25%、菌核净20%，每公顷纯药推荐用量375-450克）、天津市兴果农药厂（电话：022-86854568，86852977）的菜友乐（25%多·福·福锌可湿性粉剂，含多菌灵5%、福美锌10%、福美双10%，每公顷纯药推荐用量312.5-375克）。
除了使用上述药剂外，生产上还可以每亩用10%速克灵烟剂200-250克或45%百菌清烟剂250克于傍晚熏蒸；或者每亩用5%百菌清粉尘剂1公斤喷施；也可以用50%速克灵可湿性粉剂或50%扑海因可湿性粉剂1000-1500倍液喷雾。轮换交替使用不同的药剂防治，每隔10天1次，连续防治2-3次。喷雾防治会提高棚内湿度，遇阴雨天棚内湿度难以迅速降低时宜选用熏烟、喷粉等方法。
