氟磺胺草醚在土壤中的残效期较长，好气条件下土中半衰期大于6个月，嫌气条件下小于1个月。豆田施用该药药量不宜过大，否则会对后茬敏感作物如白菜、谷子、高粱、甜菜、玉米、小麦、亚麻等产生不同程度的药害。
有资料报道，旱田长期使用咪唑乙烟酸、氯嘧磺隆、豆乙合剂、莠去津、氟磺胺草醚、甲磺隆等残效期长的除草剂，“旱改水”种植水稻后，无论是育秧还是移栽，都容易造成残留药害，水稻生长受到抑制，重者整株枯死。氟磺胺草醚每公顷用药量为250克时（氟磺胺草醚用于大豆田，每公顷纯药推荐用量春大豆田为375～450克，夏大豆田为250～300克），改种水稻需间隔12个月。
由此可见，氟磺胺草醚不能直接施用于水稻田。施药后短期内水稻可能不出现明显的药害症状，但对水稻的生长和最终产量可能造成严重影响。
