松本锦具有诸多优点的同时，也存在斑点落叶病和水心病严重的缺点，根据其病害发生规律和发病特点，我们的防治经验有七点：
一是彻底清园。尽可能减少越冬病菌基数。发芽前喷布石硫合剂铲除病原。上年发病重的果园间隔10天再喷1次。
二是早用药，早补钙，抓好谢花后3遍药剂的使用。
三是喷药时加入叶面肥，如尿素、光合微肥、氨基酸复合液肥等，增强叶片的功能和抗病能力。进入雨季，每遍药均加入展着剂防雨水冲刷。喷药时喷雾压力要强，雾滴要细，喷布周到，特别是叶片背面一定要喷严。
四是禁用波尔多液，松本锦对波尔多液中的铜较敏感，施用不当时果面易发生红褐色药害斑点，影响果品的产量和质量，应选用其他非铜制剂代替。
五是重施有机肥，控制氮肥。松本锦苹果采果后，应重施有机肥，一般每亩施腐熟的鸡、鸭、猪粪4000-5000千克，有机肥不仅可以提高土壤有机质含量，增强树势，还可以增强土壤对钙的保持能力，减少钙的流失，从而减轻水心病的发生。化肥选用多元素复合肥，不单施碳酸氢铵或尿素。
六是正确土施钙肥，对于易发水心病的松本锦果园按每亩增施碳酸钙或硝酸钙100千克。适量的硫酸镁和硼砂应与有机肥混合腐熟后施用，不可单独施用。
七是疏花疏果，合理负载。松本锦苹果容易成花，自然坐果率高，故应严格进行疏花疏果。花后1-2星期留中心果，去病果、边果、小果。一般长果枝留2-3个果，中果枝留1-2个果，短果枝留1个果，以每亩产量不超过2500千克为宜。
