一般双子叶作物比单子叶作物对麦角甾醇生物合成抑制剂更加敏感，这类杀菌剂在双子叶作物上使用更容易造成药害。据报道，用烯唑醇防治西瓜和辣椒苗期白粉病，曾在浙江和江苏造成严重的僵苗；喷施三唑类药物，导致黄瓜节间缩短，叶片和瓜果短小；在陕西，用40%福星（氟硅唑）8000～10000倍液防治梨黑星病，曾发生过出现卷叶症状的药害；用烯唑醇的同系物多效唑处理早稻秧苗，造成后茬粳稻秧苗僵化；用三唑酮进行种子处理，曾造成小麦大面积不出苗。
同类作物的不同品种对三唑类杀菌剂的敏感性有较大差异，如粳稻比籼稻敏感。不同的三唑类杀菌剂品种对植物的生长抑制能力不同。据南京农业大学植物保护学院周明国等人研究，用相同浓度的三唑类杀菌剂进行种子处理，对禾谷类作物出苗后12天的叶面积的生长抑制如下：抑霉唑15%，三唑醇16%，丙环唑20%，三唑酮22%，氯苯嘧啶醇23%，乙环唑27%，苄氯三唑醇28%，烯唑醇45%。烯唑醇对植物生长的抑制作用更为明显。在水稻等作物上使用三唑类杀菌剂会导致作物叶片短小，严重时甚至不能抽穗。
水稻抽穗前喷施三唑酮，其最大的副作用是抑制稻株体内赤霉素的合成，影响穗下节间的拔长，严重的可造成水稻抽穗不良，出现包颈现象。但在不同水稻品种、不同的用药量条件下，这种副作用所造成的影响也不一样，并不是抽穗前喷施三唑酮后一定会出现水稻抽穗不良，事实上在大多数情况下喷施三唑酮后并不造成太大的不利影响。对抽穗前喷施过三唑酮的田块，特别是过量喷施三唑酮的田块，应注意在抽穗期观察水稻抽穗情况，如果发现水稻抽穗困难，有包颈现象，可以酌情喷施赤霉素促进水稻抽穗，一般每亩用赤霉素纯药0.5克左右加水50公斤喷雾。
目前生产上防治稻瘟病的常用药剂主要是三环唑（属唑类农药）、稻瘟灵（富士一号）等。三环唑为保护性药剂，具内吸性，喷药后药物能被水稻植株吸收，并在体内传导，通过阻止稻瘟病病菌孢子在稻叶上萌发和侵入而起作用，稻株发病后使用该药没有效果，也不能阻止病菌由伤口侵入，应在田间没有发病或者发病初期用药。稻瘟灵对稻瘟病兼有预防和治疗作用，在水稻发病后使用也有良好的防治效果。稻瘟病存在对稻瘟灵抗药性小种，如果田间有这些小种，宜在水稻发病初期将三环唑与稻瘟灵配合施用。
近年来，咪唑类广谱性杀菌剂咪鲜胺（施保克、使百克）在水稻生产上得到大面积推广应用。该药通过抑制甾醇的生物合成而起作用，虽然不具内吸作用，但具有一定的传导性能，对子囊菌及半知菌引起的多种作物病害有特效，在水稻上使用能有效防治恶苗病、稻曲病、稻瘟病等病害，特别是在穗期使用也有较好的安全性。据江苏省绿盾植保农药实验有限公司报道，近年来该厂生产的田茂（36%多·咪鲜可湿性粉剂，含咪鲜胺4%、多菌灵32%）在近30万亩水稻上用于防治稻瘟病、稻曲病等病害，防效达70%～90%，没有发生药害或者影响水稻抽穗，规避了硫·三环、三唑酮、烯唑醇等农药品种在水稻穗期使用容易产生抽穗不良等药害的问题。该药与防治稻瘟病、稻曲病的常用药井冈霉素、三环唑交替使用，有利于延缓病菌抗药性的产生，提高防效。一般在水稻破口期每亩用药45克，在病害偏重发生时宜适当加大用药量，或者用药2次，第一次适期用药后隔5～7天再用药一次。
上述陈志华反映水稻在抽穗前发生了稻瘟病和白叶枯病。在这种情况下，单用三唑酮、三环唑、稻瘟灵、咪鲜胺、多菌灵等主要针对真菌性病害的药剂，对水稻白叶枯病没有效果，应将这些药与防治水稻白叶枯病的药剂如叶枯唑、克菌壮、铜高尚、噻森铜、噻菌铜等药剂配合使用。选用铜高尚等铜制剂保护剂，既对水稻白叶枯病有良好的防治效果，又对稻瘟病、纹枯病有良好的防效，在田间水稻破口前7～10天用药（可以掌握在田间有50%的水稻茎蘖的剑叶与倒二叶叶枕相平时用药），对稻曲病也有良好的防治效果。
