其病原菌为异形葡枝霉，属于半知菌类。其菌丝白色，有隔，分枝。分生孢子梗直立，有隔，反复轮状分枝，产孢细胞近圆柱形，基部宽，末端渐细，顶部钝。分生孢子椭圆形，双孢，少数为单孢。培养15天后可产生厚壁孢子，呈链状，有的厚壁孢子基部可分叉，基部具透明短柄或长柄。
病害症状为：染病初期，在菌袋或菌床的培养料表面出现白色菌丝体，当温度、湿度条件适宜时扩展速度很快，不久，白色絮状的菌丝便可覆盖整个培养料表面，即病菌的菌丝、分生孢子梗及分生孢子。幼小菇蕾受该病菌包围侵染后，不能继续生长而呈淡褐色死亡，成长的子实体则引起菌柄基部呈淡褐色水渍状腐烂，病菌棉絮状气生菌丝可向上扩展到菌盖处。菌柄基部腐烂后病子实体倒伏，上面长满白色菌丝，完全失去经济价值，如不及时处理，不能再形成子实体，培养料会呈湿腐状变质。
软腐病病原菌平时可生活在有机质丰富的土壤中及死亡的有机物质上。采用生料床栽或箱栽金针菇时，使用了不清洁的水拌料极易发生此病。熟料袋栽或瓶栽时，培养料经过了灭菌处理，第一批菇很少发病，第2-3批菇由于补水和菇房保湿喷水或空气中漂浮的分生孢子沉降到培养料上，在气温偏高和湿度过大以及通风不良的条件下，有利于此病的发生，其病害一旦发生后，其传播的速度很快。
该病菌在金针菇基部侵染，菌柄变褐并腐烂。进而向上发展覆盖整个子实体，被害处呈水浸状并逐渐变成褐色状软腐。该病菌也长期存活于土壤中，一般通过气流、人体、工具及昆虫进入菇棚，10℃左右即可发生危害，尤其在初春季节，当气温逐渐升高，相对空气不良时，发生的速度极快，危害也随之加重。
防治方法：
1：搞好菇房内外的环境卫生和使用未受病菌污染的清洁水进行拌料及菇房管理用水；
2：出菇尽可能的控制较低的菇房温度和进行适当通风，防止培养料表面积水；
3：一旦发生病害时，要及时清除并喷洒1：200倍的"施耳康"药液，可有效控制软腐病的蔓延；采用生料栽培时，按每吨干料加入600毫升（3瓶）"施耳康"的比例拌料。
