在有机果品生产过程中, 要求不使用任何化学农药、化肥、生长调节剂, 并要求不使用转基因产品, 为了保证有机果品的质量, 必须采用各种办法防止病虫害对果树造成的危害。由于各地病虫害发生情况不同, 所采取的措施各异。
1. 欧洲有机苹果的病虫害防治
在欧洲苹果的主要病虫害有苹果黑星病、霉斑病、火疫病、苹果蚜虫、苹果木虱、苹果蠢蛾。湿润的气候使有机苹果栽培特别困难。采用的控制措施包括利用抗病品种预防苹果黑星病，使用天敌防治苹果蚜虫，通过果园卫生，控制小气候，调节果园密度，合理负载，合理施肥，使用允许使用的农药。由于多数果园是按常规果园建立的，缺乏有效稳定的控制措施，多数情况下还要靠直接防治。目前可以使用的农药包括：硫酸铜、硫磺、石硫合剂、除虫菊、矿物油、皂液等，新近开发的有印楝油、核多角体病毒、性信息索迷向防治等，还有专家决策系统等可以改进。
2. 美国的有机苹果病虫害防治
从2002年起，美国联邦重新制定了有机生产条例后，对有机产品有了更加明确、严格的限制。在美国分为东部果区和西部果区，东部果区由于雨水多，病虫害发生严重，难以进行大规模的有机果品生产。尽管有些果农想通过努力进行有机生产，但难度很大。而在西部干旱少雨，病虫害发生很轻，适合进行有机果品生产，并且该地区对研究有机果品生产的支持力度很大。苹果主要害虫有苹果蠹蛾、苹果食蝇、无泽盲蝽、盾蚧、梨小食心虫、各种蚜虫、蛀干害虫、潜叶蛾、叶蝉、螨类等。
此外，病害有苹果黑星病、疫病、果锈、白粉病等。防治上使用性信息素迷向法防治苹果蠹蛾、梨小食心虫、使用BT乳剂防治鳞翅目害虫、硫磺制剂防治果锈，使用高岭土薄膜可以防治多种害虫，如李子象、卷叶蛾、叶蝉，抑制螨类、苹果蠹蛾、苹果实蝇、蓟马等，还可以减少日灼。在落花后喷第1次,然后间隔1周左右喷1次，共喷6~8次，并且对霉污病有作用。高岭土必须喷洒均匀，形成保护膜才能起作用。白僵菌是防治多种害虫的真菌，在市场上具有一定的地位。大豆油、海枣油、鱼油，还有精炼矿物油都可用于有机果品生产，通常用于防治介壳虫、螨类。现在发现对白粉病也有效。
有机苹果生产主要依靠性信息素迷向法防治苹果蠹蛾，采用抗病品种防治苹果黑星病，使用高岭土颗粒护膜预防害虫，这种护膜不影响苹果产量。在采后处理过程中，通过清洗可以去除高岭土处理后苹果上的霉菌。由于消费者和生产者的需求，通过科研院所和企业的合作，可以进一步推进病虫害防治技术会得到进一步提高。
3. 新西兰有机苹果的病虫害防治
新西兰是苹果出口大国，在有机苹果生产方面开展研究较早，苹果害虫的种类也较多。其中果实害虫主要是苹果蠹蛾，该虫天敌种类少、寄生率低。在防治方法上，主要通过清除废弃果园果树，减少外来虫源，使用植物源农药和病毒制剂在幼虫孵化期喷洒防治，使用昆虫性信息素迷向法防治。总体上植物源农药和病毒制剂每年要喷6次左右，成本比较高。性信息素迷向法，可以使用每公顷释放1000个诱芯，每个生长季释放1次即可，成本在每公顷233美元，目前在各果区推广使用。
其次为卷叶蛾类，常见的卷叶蛾有5种，其中1种为澳大利亚侵入，其它4种为当地原有种。在防治方法上，主要依靠喷洒BT制剂和植物源农药除虫菊。大面积果园也可使用性信息素迷向法防治。介壳虫有3种，虽然介壳虫寄生天敌种类比较多，但梨圆蚧有时仍可造成危害，需要在越冬期或者发芽前喷洒石蜡油防治。
苹果绵蚜发生普遍，对于出口不允许检出，在防治上可以通过使用寄生蜂和抗虫砧木。但抗虫砧木的适宜地区需要首先试验，苹果卷叶瘿蚊对幼树有很大影响，对结果的大树影响不大，保护天敌可以减轻危害。
另外，成龄果园可以忍受危害。叶螨类主要是苹果全爪螨和二斑叶螨，目前主要通过保护天敌，主要是西方盲走螨，还有其它一些天敌种类。保护天敌可以延缓螨类暴发，当需要防治时，使用喷洒油可以较好的抑制暴发又能保护天敌。
4. 我国有机苹果的病虫害防治
4.1 我国苹果病虫害现状分析
近年来我国果树生产发生了巨大变化，套袋栽培改变了传统的生产方式。套袋苹果面积估计占总面积的60％以上，设施果树在早熟果品生产中得到应用。生产方式的改变导致病虫害的发生危害方式转变。苹果套袋栽培后桃小食心虫得到了较好控制，但苹果黄蚜、山楂叶螨、金纹细蛾危害果树严重，并且近年介壳虫危害上升。苹果绵蚜、二斑叶螨等新的害虫蔓延危害，对苹果生产造成新的威胁。在局部地区枣尺蠖发生严重，特别是靠近枣区的果园。一些果园草履蚧发生也会造成局部危害，而果实套袋为蚜虫、红蜘蛛等害虫的生物防治创造了宽松的生态环境。果树进入日光温室栽培后，环境的改变导致一些病虫害发生期延长、危害加重、果树授粉不良，导致坐果率低影响产量等。因此，有必要根据不同的生产模式，针对出现的病虫害问题进行研究，解决生产中的关键技术难题，建立新的病虫害治理体系，提高防治效果，改良果实内在品质。同时改良生态环境，为增加果品出口奠定基础。
要提高果园的管理水平，必须建立相应的病虫害预警体系，建立起科学的病虫害防治决策体系才能避免盲目喷药又保证病虫害得到有效的治理。建立果树病虫害防治指标体系是病虫害科学治理的基础，也是果树可持续生产的需要。对保证果树安全生产，保护生态环境，减少农药污染有着至关重要的作用。
目前我国各地果树病虫害防治仍采用传统的防治方法，多数凭经验进行防治。多数地方都制定有防治历，在年初都安排好使用农药的大体时间和种类，采取预防措施，技术人员也都是不定期到田间检查。都是凭经验安排防治措施，随意性很强。经验成为果园病虫害防治的主导思想，缺乏科学的检测、调查手段，缺乏系统的防治决策体系。这些是目前果树病虫害防治技术水平低，管理落后的主要根源。即使已经研究取得的成果，由于缺乏系统检测体系，具体措施难以溶入传统的防治体系中，先进技术难以推广。
4.2 我国有机果园病虫害研究现状
在有机果品病虫害综合防治技术方面研究较少，对于过去有关果树病虫害综合防治技术中有些技术，可以作为有机果品生产中使用的措施。相关的报道中主要包括地面覆盖对果园天敌的影响，昆虫天敌的人工繁殖利用，生防制剂的开发利用等。其中严毓华等报道了果园种植覆盖作物对保护和增殖天敌的作用，于毅等调查了果园杂草夏至草、甘野菊、泥胡菜早春利于东亚小花蝽的繁殖。
赵白鸽等调查了果园种植紫花苜蓿后天敌群落对果树叶螨的自然控制作用，果园益害比提高，叶螨峰值降低，高峰期推迟7~20天。姜玉兰等调查了果园种植三叶草、紫花苜蓿和清耕区果园天敌的发生情况。种草果园天敌数量明显增多，对果树害虫有明显的控制作用。在天敌利用方面张乃鑫等报道了我国引入西方盲走螨防治苹果上山楂叶螨和李氏叶螨有显著作用，但仅实用于干旱地区。
孙兴全等报道了人工饲养异色瓢虫释放防治大棚草莓蚜虫的效果，在瓢蚜比1：100的条件下，不用打药可以利用瓢虫控制蚜虫危害。
4.3 果园生态系统的维持技术
对于有机果品生产，病虫害的防治可以分为果园生态系统的维持与暴发病虫害的应急处理两部分内容。其中生态系统的维持是基础性的、是果园病虫害控制的关键。如何保持果园病虫害处于控制状态，处于经济危害水平之下需要大量精细的调理工作。当生态系统出现失衡，某种害虫出现暴发危害的迹象后，要拿出有效的应急措施及时进行防治，并保持整个生态系统尽量不受大的影响，就是要制作一个工具包，出现问题能够及时找出工具进行修理。
果树是多年生植物，相对于农田生态环境较为稳定。但鲜食的果品要求外观质量很高，不能受到病虫害的危害。果实表面出现任何瑕疵都会影响果品的商品性能。在病虫害的生态调控技术中，常用的措施包括：
4.3.1 选择适宜地点 选择适宜果树生长、而不适宜病虫害发生的环境。如美国的有机苹果生产多选择在西北干燥、浅山地区，降雨少不利于病害的发生。
4.3.2 选择适宜的品种 如选择嘎拉成熟较早，并且比较抗病。
4.3.3 保持生物多样性 通过种植间作绿肥或者果园生草，保持果园生物多样性。王大平比较了生草园、免耕园和清耕园捕食性天敌的差异，结果是生草园的天敌多于免耕园，免耕园的天敌又多于清耕园。植被多样化后益害比大大提高，天敌可有效的控制果园次生害虫的危害。
4.3.4 树体保健 通过使用各种果园管理措施，保持果树营养充足、均衡。合理浇水，保持适当的树冠密度，保证通风透光，合理负载，使果树生长健壮，对果树病虫害有较强的抵抗能力。
4.3.5 果园卫生 病虫害的发生都是从少到多，逐渐累积，条件适宜暴发的过程。因此，清除病虫来源，破坏病虫害的滋生环境，可以显著降低病虫害的暴发频率，如冬季清除越冬的落叶，清除枝干上病虫斑。如果落叶中害虫天敌比较多，可以将收集的落叶用网笼罩起来，春季保护释放天敌。
4.3.6 注意果区不同生态系统的天敌交流 由于果园周围可能会种植不同的农作物，发生的害虫与天敌的种类、时间、数量各异。但由于农作物生长期短，生态系统容易发生剧烈变化，对邻近的果园容易产生明显的影响。特别是一些多食性天敌，可以发生大量转移，在果园应注意保护利用。
