在番鸭饲养过程中，常发病为细小病毒病、小鸭病毒性肝类和啄羽癖。 为了贯彻预防为主的原则，通常采用以下预防方法：
1.细小病毒病。用福建省农科院研制的雏番鸭细小病毒疫苗，于3～5日龄时免疫接种， 每羽皮下或肌肉注射0.3毫米。
2.小鸭病毒性肝炎。用其弱毒疫苗进行主动免疫，或在发病初期用卵黄抗体进行紧急被动免疫。
3.啄羽癖。在群养番鸭的羽毛快速生长期，推广应用及早添加“微量元素”，剂量要比常规大1倍，即每百公斤饲料中添加100克，必须拌匀，或在2 周龄时断象。在日常饲养管理中，结合加强卫生消毒， 建立防疫制度，降低番鸭死亡率。
