要根据生长季节、栽培方式、市场需求选择合适的番茄品种。优良的番茄品种应具有抗病、丰产、优质等特点。同时还要检查种子的成熟度、饱满度、机械损伤度、发芽率及发芽势等项指标。合格的番茄种子其种子净度应高于98%，种子色泽纯正、无霉变，纯度高于95%，发芽率高于88%，水分含量低于8%，为此选购种子应到信誉较高的科研单位或种子部门购种，严防购得假冒劣种子造成经济损失。
种子千粒重是种子饱满度的主要标志，若千粒重低于下限数字则不宜在生产上使用。一般大果型番茄种子的千粒重在3.2克左右。
为了提高番茄种子在生产利用的年限，应在种子贮藏过程中，尽量创造良好的条件，延长种子寿命。种子贮藏时，要使种子充分干燥，贮藏库的空气相对湿度尽量降低，温度一般在5℃以下。一般番茄种子的寿命3～6年，在生产上利用年限2～3年。
2．种子处理
播前种子处理，可减少番茄种子带菌，提高种子活力，促使出苗整齐一致，增强幼苗抗性。
(1) 浸种
是使番茄种子在有利于吸水的温度条件下，在短时间内吸足从种子萌动到出苗所需的水量。浸种容器可用干净的瓦盆、瓷盆或塑料盆，不要用金属或带油污的容器。浸种方法通常采用22～28℃干净的清水浸泡番茄种子。水要浸没种子，不断搅动，把浮在水面上的瘪籽去掉，用手搓洗种子，去掉沾在种子上的果肉、果皮和粘液等，然后再换清洁的同等温度的温水浸泡6～8小时，可使种子充分吸水。这种浸种方法简便安全，但对种子没有消毒杀菌作用。近年来随着栽培技术的不断提高，常采用以下方法处理种子：
微量元素处理
具体做法是首先按一定比例配制多种微量元素的溶液。其配方为冷开水5000千克，加硫酸铜2克，硼酸2克，硫酸锌2克，硫酸锰1.5克，硫酸铵0.1克。然后将番茄种子用纱布包好，浸入此溶液中24小时后取出，稍荫干后再浸12小时。可促进番茄早熟，提高产量。
赤霉素处理
用5%～10%的赤霉素溶液浸种可促进发芽和秧苗生长，但浓度不能过高，否则会引起秧苗徒长。
此外，还可用1%的碳酸氢钠溶液浸种24小时，能促进植株发育，促进早熟。
(2) 种子消毒
番茄种子传播的病害较多，如猝倒病、叶霉病、病毒病、早疫病、枯萎病、斑枯病、溃疡病等，因此，在播种前必须对种子进行消毒处理。种子消毒的方法很多，可根据当地条件任选一种。
温汤浸种
将番茄种子在凉水中浸包10分钟，然后放入50℃的热水中，不断快速地搅动，使种子受热均匀，并随时补充热水，用棒状温度计测水温，使水温稳定在 50～52℃，20～30分钟后捞出放在凉水中散去余热，然后浸种在25～30℃的温水中4～6小时。此法简便，成本低，杀菌力强，是常用的消毒方法。
高温处理
将干燥种子放入70℃恒温箱中，处理72小时，然后再浸种、催芽、播种，对番茄病毒病有一定防治效果。
药剂浸种
将种子用杀菌药剂处理，消毒种子表面附着的病原菌。主要的常用药剂有：
A．福尔马林 先将种子放入清水中浸泡4～5小时后，再放入1%福尔马要溶液中（即40%甲醛溶液1份兑水99份），浸泡15～20分钟后取出用湿布包好，放在密闭容器中闷2～3小时，熏蒸消毒，然后再用清水反复冲洗干净。可以减轻和控制番茄早疫病和枯萎病。
B．抗枯宁 用每支（2毫升）抗枯宁加水10～15千克，浸种4～5小时，然后将种子用清水反复洗净，稍晾干，对枯萎病等有防治效果。
C．高锰酸钾 先将种子于40℃温水中浸泡3～4小时，然后放入1%高锰酸钾溶液中泡10～15分钟，利用强氧化作用杀死种子表面病菌。将种子取出后用清水冲洗干净，可减轻溃疡病和烟草花叶病毒病的危害。
D．瑞多霉 用25%瑞多霉1000倍液消毒可防止种子表面带有晚疫病、绵腐病病菌。
E．盐酸 用0.5%稀盐酸溶液浸种3小时，能消灭附着生种子表面的病菌。
F．药剂拌种 用70%敌克松粉剂拌种，用药量为种子重量的0.3%；用50%的二氯萘酰可湿性粉剂拌种，用药量为种子重量的0.2%，对防止番茄苗期立枯病有显著作用。拌种时所用药量应精确，与种子混拌应均匀，拌种的种子要干燥，操作人员应戴上口罩和手套，确保安全。
(3) 催芽
种子浸种消毒后，为促使幼胚迅速发育而催芽。在催芽过程中，要提供适宜的温度、水分和空气环境。番茄种子催芽的适宜温度为25～30℃，相对湿度为 90%以上。在催芽过程中，应经常检查和翻动种子，每天要按时用30℃左右的温水冲洗种子1～2次，甩干种子表面水分或稍晾后继续催芽，以便保持湿度，更换空气，促使所有种子发芽均匀。在适宜的条件下，经2～3天番茄种子即可发芽，常用的催芽方法有以下几种：
瓦盆催芽法
将浸种消毒后的种子洗净，用干净的湿纱布包好，放入垫有稻秸的瓦盆里，以免底部积水而霉烂种子，上面盖上潮湿的麻袋或毛巾，以保持湿度，然后把瓦盆放在压火道、热坑头或催芽箱内催芽。
掺沙催芽法
将浸种消毒后洗干净的种子与洗干净的河沙按1：1.5的比例拌匀，装入瓦盆内，盖上湿沙或湿布，然后放在适温处催芽。
电热控温催芽法
通过在催芽箱内安装电子控温仪控制温度，并保持适宜的空气湿度。
对催芽温度的掌握，开始要稍低，以后逐渐增高，当胚根将要突破种皮时再降低（降至20～24℃），促使胚根粗壮。当70%左右的种子胚根露白时，应将种子用湿毛巾包好放入冰箱内，温度在5℃左右并保持适宜的湿度，待条件良好时，再行播种。
