整枝是通过修剪来控制植株生长的一种管理措施。整枝主要用于以果实入药的木本中药材，但有的草本中药材也需要进行整枝。对以树皮入药的中药材，应培养直立粗壮的主干，剪除下部过早的分枝。对以果实、种子入药的中药材，可适当控制植株高度，注意调整各级主枝、侧枝，促进植株开花结实。对幼龄树一般宜轻剪，对于有些灌木类，如枸杞、玫瑰等幼树则宜重剪。对于成年树多疏删或短截，以使树势健壮和各部分之间的相对平衡，使其每年都能抽生强壮充实的营养枝和结果能力强的结果枝。
打顶即摘去顶芽。通过破坏植株顶端优势，抑制主茎生长，促使侧芽发育。一些中药材由于生长慢且植株较稀，去掉顶芽，侧枝则很快生长，能提前封行。如附子，适时打顶并不断除去侧芽，可抑制地上部生长，促进地下块根膨大，提高附子产量。打顶宜早不宜迟，应选晴天进行，以利伤口愈合。摘蕾植物为了繁殖后代，总是把养分优先供给生殖器官。摘除花蕾抵制了生殖生长，转而促进营养器官的生长。凡是不以种子、果实做药或不采子的中药材，如白术、桔梗、人参、黄连、三七等，都可通过摘蕾来提高产量。
整根只在草本中药材中采用，如附子、芍药、柴胡等。除去其过多侧根，保证主根生长肥大。
