柑桔采收后在贮藏过程中，可发生20多种病害，其中传染性病害有青霉病、绿霉病、黑腐病、焦腐病、炭疽病等，生理病害有水肿病、褐斑病等。
1、青、绿霉病。两病的病状基本相同，初期为水渍状淡褐色圆形病斑，病部组织湿润柔软，用手指按压病部果皮易破裂。病部先长出白色菌丝，很快就转变为青色或绿色霉层。以后病部不断扩大，致全果腐烂。两病症状稍有不同。青霉病：蓝色，白色霉层带很窄、腐烂速度较慢，烂果不粘包果纸，有发霉气味。绿霉病： 蓝绿色、白色霉层较宽，腐烂速度较快，紧粘包果纸，有芳香气味。
2、黑腐病。果实多从果蒂开始发病，初时出现水渍状淡褐色病斑，扩大后稍凹陷，黑褐色，病斑边缘不规则。天气潮湿时，病部长出初为白色，后变为墨绿色霉层，腐烂果心也长有墨绿色霉层。有些果实外表不表现症状，而果心和果肉已发生腐烂。腐烂果心也长有墨绿色霉层。
3、焦腐病又称黑色蒂腐病。多发生在果实采收后贮藏前。发病初期果蒂周围的果皮出现水渍状淡褐色软腐病斑，后病斑迅速向外扩展，边缘波浪状，病部果皮呈暗紫褐色、极软，果皮易被压破。病部根块从果蒂腐烂至脐部，造成"穿心烂",病果肉黑色，味苦。
4、褐腐病。甜橙果实发生较多，发病初期，果皮上出现淡褐色斑，扩展迅速，几天内可引起全果腐烂。高湿条件下，病部长出稀疏的白色霉层，有一种芳香气味。
5、水肿病。此病是一种生理性病害，多发生在贮藏期的甜橙等果实上，其特征是整个果皮及果肉组织呈浅褐色水渍状浮肿，后转为深褐色，果肉产生酒精气味，完全失去商品价值。病果不表现软腐症状。
6、褐斑病。初发病仅在果皮油胞层显出褐色革质病斑，最后达到果肉，使果肉变质发生异味。褐色，在果皮上出现网状、片状、点状等不规则褐斑。该病是甜橙果实在贮藏后期常见的一种生理性病害。
另外，褐色蒂腐病和炭疽病也应该注意防治。
引起柑桔贮藏期病害的病原菌，大多数属于寄生性较弱的真菌，这些病菌侵入果实，一般须通过果皮上的各种伤口，因此，在采收、运输及贮藏过程中，如措施不当，使果实受伤会增加发病机会。因此，要减少贮藏期间病害的发生，必须采取下列防治措施：
（1）防止果实受伤 在采收及贮运期间防止果实遭受机械损伤。适时采果、适当提早采收能预防多种贮藏病害的发生。在下雨时、雨后、重雾或露水未干时不要采果。
（2）果实采收前10天左右对树冠果实喷药，以减少果实带病。可喷70%甲基托布津可湿性粉剂1200-1500倍液或50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液。
（3）药剂浸果处理 目前用来浸果最好的防治药物是抑霉唑，可以克服对多菌灵和苯莱特产生抗药性的青霉菌和绿霉菌。用75%抑霉唑700倍液加 0.02%2,4-d处理果实，不但可以防青绿霉引起的果腐，对黑腐病、蒂腐病和酸腐病等均有较好的防治效果。或用30%特克多300倍液加75%抑霉唑 700倍液加0.02%2,4-d浸果，除对上述病害有较好的防治效果外，对炭疽病也有很好的防治效果，果实采收后马上进行处理，效果会更好。
（4）单果包装贮藏 采用单果包装比用大袋包装的效果好，用塑料薄膜单果包装比用纸单果包装效果好。用农用聚氯乙烯薄膜比聚乙烯薄膜包装效果好。
（5）贮藏库消毒 果实进库前，库房要进行熏蒸，每立方米用硫磺粉5-10克或用福尔马林1:40倍液，每立方米30-50毫升，密闭熏蒸3-4天，待药气散后方可入库贮藏。
（6） 控制库房温度和湿度 甜橙一般要求3-4℃，相对湿度80-85%.并注意适当通风换气。
