病害的防治原则：以防为主，防治并重。
1.腐烂病：真菌性病害，主要特征是菇床覆土层上出现细如蛛丝的白色菌丝，无规律生长，呈蛛网状盘列，染病菇体基本停止生长，逐渐变褐、发软、腐烂。防治措施：处理覆土材料，防病于未萌之时。药物处理菇棚，一般可使用百病傻对菇棚进行地毯式喷洒，以彻底杀灭病原菌，密闭2天后即可启用。控制棚温在12℃以上、棚湿在90%以下。发现病害，立即采取挖除、清理措施。
2.褐斑病：主要症状表现为染病菇体的菌盖表面产生大小不一的褐色或土褐色斑点，随着时间的延长和病情的加重，斑点逐渐扩大，并从斑点处发生白色至灰白色的凹陷，该病的最大特点是病菇不粘、不烂、不臭，最后干缩死亡。防治措施：参考蘑菇腐烂病的防治措施。
3.红根菇：主要原因是细菌类感染，可喷洒蘑菇杀病灵溶液；但有时因基料经长时间分解利用后，pH值下降严重，或遇高温一次性用水太重太急时，也可发生该现象。处理措施：往畦面喷洒2%石灰水上清液，提高基料pH值在8左右，避免一次性浇灌大水。
4.锈点菇：菇体上的铁锈色斑点，对其商品质量影响严重，主要原因是管理不当引致细菌性感染，如棚湿过大、菇体上积聚小水滴，而棚内通风又不能及时使之蒸发，如果时间稍长，很可能因此引发该类病害。处理措施：加强通风，空间喷雾使菇体上有小水珠时，更应强制通风，使水珠在1～2小时内蒸发掉，并喷洒蘑菇杀病灵溶液。
5.菌丝不吃料：原因是菌种退化、老化，适性差，生命力弱；或菌种运输中接受36℃以上高温或经暴晒；或基料内氨气太重，抑制菌种萌发。处理措施：更换菌种；属氨气太重原因时，将料抖松，喷2%石灰水，也可直接喷施清水，将氨气结合带入床基土壤，同时加强通风，使空间中的氨气随风排出，等正常后重新播种。
6.菌丝萎缩：原因是基料发酵不匀，料内产热；或铺料偏厚，基料或覆土材料含水偏高。处理措施：在床基上翻料，拣出未发酵完全的大团块粪肥生料；加强通风，停止用水。
