第一，用钼肥拌种。常用的钼肥是钼酸铵。拌种时，每公斤豆种只用2克钼酸铵。首先将钼酸铵溶解于5倍热水中，充分搅拌、冷却后拌种。第二，花期前后叶面喷施钼肥。喷施浓度为0.005%～0.01%的钼酸铵溶液。叶面喷肥一般要喷洒两次以上。第三，由于缺钼症状多发生在酸性土壤上，可通过施用适量石灰降低土壤酸度，提高钼的有效性。应该注意的是，施钼主要采用根外施肥法，一般不用土施法，目的是控制用量。因此，如果采用土施法，每亩200克钼肥，要与有机肥充分混匀后再施，不要在同一块田里连年施用。第四，在给大豆施钼肥前，先要弄清楚土壤是否缺磷，如果缺磷要补充磷肥，否则单施钼肥反而使根瘤减少。
大豆的根瘤状况还与氮肥的使用有关。如果施用过多的化学氮肥，也会抑制根瘤固氮，也同样表现出大豆的根瘤数目减少、瘤小和固氮率降低。
除此以外，磷对大豆根瘤生长发育和固氮的作用很重要，磷不仅促进根系生长，而且有利于根瘤的发育和提高根瘤的固氮能力。所以在豆科作物上，要重视施用磷肥，通过施磷肥促进固氮，可以达到"以磷增氮"的效果。
