棉花苗期管理的中心是在全苗、齐苗的基础上，使棉苗均匀生长，促进根系和地上部分的正常发育，达到壮苗、早发，为适时现蕾，多现蕾打下基础。苗期的主要管理内容有：
一、早查苗、补苗、放苗、补栽。棉花播种出苗后要及时查苗，发现缺苗断垄及时补种或移栽，地膜棉出苗后及时放苗封土，防止烫伤苗和草害发生，尤其五一后出苗的，来不及放苗的，采取先捅然后放苗的措施。移栽棉田缓苗后对弱苗、病苗、死苗要及时补栽，使苗期达到苗全、匀、齐、壮，这是丰收的基础。
二、早间苗、适时定苗。北方直播棉田，棉苗出齐后要及时进行间苗，间苗能防止因棉苗拥挤而出现争肥、争水、争光的现象，有利个体发育，避免形成高脚苗。适时定苗，定苗适期一般为2-3片真叶时进行，盐碱地、重病地可适当晚定。北方留苗密度要根据地力为基础，品种特性来决定，一般高产田每亩2000-2500株，中产田每亩2500-3000株，旱薄地3000-3500株为宜。南方近几年有逐渐偏稀的趋势，这对产量带来一定影响，各地试验结果，合理的密度应是，高产棉田及杂交种，每亩1300株左右，一般棉田及常规种1300-1500株左右，肥水较差的1500-1800株为宜。各地气候、栽培、习惯不同差异较大，密度应因地制宜。
三、中耕松土。棉田中耕具有疏松土壤、破除板结、流通空气、提高地温、调节土壤水分、消灭杂草、增强微生物活动，加速养分分解、利于棉花根系发育以实现壮苗早发。中耕次数要因地制宜，做到雨后必耕，地板有草必耕，保持土壤疏松。中耕深度宜先浅后深，首次深度2-3厘米，现蕾前可达6-9厘米。
四、施好提苗肥。对底肥充足、土壤肥沃的棉田一般苗期不施追肥，但土壤瘠薄施肥不足的棉田，应轻追一次苗肥，苗肥一般亩施尿素2.5公斤，并配以适量磷、钾肥最好。
五、遇旱及时浇水与防涝排渍。棉花苗期需水不多，北方一般播前浇过底墒水，墒情充足的棉田，苗期不浇水，以免降低地温，引起苗病。对土壤墒情差、盐碱地或麦套棉田，苗期可进行浇水，特别是麦收前后浇水是保苗促早发的有效措施。苗期浇水水量宜小，宜沟灌。
六、早防病虫害。立枯病，炭疽病和猝倒病多发生在出苗后半月内，早发枯萎病发生高峰期在5月下旬，是造成死苗的主要原因，历年发病较严重的地块应及早进行预防，以中耕松土、扒土晒根，遇雨及时破除板结，结合定苗拔除病株，喷施叶面肥、调节剂等农业措施为主，配以相应的药剂防治为辅。造成棉花缺苗的虫害主要是地老虎，地老虎的集中危害期在5月中下旬，要及时检查及时防治，低龄期可用乐斯本、乙酰甲胺磷、辛硫磷等农药喷雾防治，对大龄地老虎可采用以上农药拌成毒饵撒于行间进行防治。苗期盲蝽象主要发生在5月中下旬，当与棉蚜、红蜘蛛、蓟马等害虫同时发生时，可用马拉辛硫磷+啶虫眯+阿维菌素等复配农药进行综合防治。
