病害是黑莓生产中影响产量和品质的重要因素之一。由于病毒为害及机械收割方面的问题，美国纽约地区的黑莓种植面积由 1900年的24 300hm2减少到1965年的7 700hm2，直到1975年，标准无病毒苗木的发展和机械化采收机的发展给悬钩子(黑莓、树莓)产业的回升带来了新的希望。特别是从20世纪 80年代开始，西方的育种专家和植保专家开始组成一个黑莓工作组，重点研究黑莓的育种、机械采收、病虫害监测及防治、栽培和黑莓产品开发。
一、病毒病害
黑莓病毒病害发生遍及黑莓产地，侵染黑莓的病毒种类很多，以下仅列出严重影响黑莓经济价值的病毒种类：
1．蚜虫传播的病毒 主要有由膨管蚜 (Amphorophora idea Bom和A．agathonica Hottes)传播的悬钩子黄网病毒RYNV(Rubus yellow net vires)、 BRNV(Black raspberry necrosis virus)、 RLSV(Raspberry leaf spot virus)和RLMV(Raspberry leafmottle virus)，四种病毒通常单独或复合侵染黑莓，引起花叶、沿脉褪绿花叶病等，严重阻碍了黑莓的生长并引起果实大幅度减产。
侵染黑莓的蚜传病毒还有树莓脉褪绿病毒RVCV(Raspberry vein chlorosis vires)，由蚜虫(Aphis idaei)传播，1952年首次在苏格兰发现，随后，在加拿大、欧洲、新西兰等国相继发现。症状是叶脉褪绿，长势减弱，果重减轻，在一些品种上还表现为果实早熟，花粉败育；树莓卷叶病毒RLCV(Raspberry leaf curl virus)， 由蚜虫 (Aphis rubicola Oestlund)传播，黑莓表现叶曲、矮化。
2．线虫传播的病毒 主要有由美洲剑线虫(Xiphinema americanum Cobb)传播的番茄环斑病毒TomRSV(Tomato ringspot virus)和烟草环斑病毒TRSV(Tobacco ringspot virus)，叶片的黄化环斑，病果易碎；由裂尾剑线虫 (J．diversicaudatum (Micoletzky))传播的拟南芥菜花叶病毒AMV(Arabis mosaicvirus)和草莓潜环斑病毒SLRV(Strawberry latent ringspot virus)。
3．花粉传播的病毒 RBDV (Raspberry bushy dwarf virus)， 主要侵染黑、树莓的杂交种，这是，一种只侵染悬钩子的花粉传、种传病毒，敏感寄主叶片严重黄化，果实易碎，长势减弱，与 BRNV复合侵染引起寄主的矮化症状。烟草线条病毒TSV(Tobacco streak virus)是一种由花粉和蓟马传播的、寄主很广泛的病毒，侵染黑莓和树莓亚属的许多种，患病黑莓长势弱、营养枝比健康黑莓的营养枝少32％，病害发生普遍，感染率高达100％。
4．传播机制尚不清楚、不确定的病毒樱桃卷叶病毒CLRV(Cherry leaf roll virus)是一种寄主很广泛的病毒，症状为果枝矮缩、死亡、叶畸型，二年生枝条的叶片表现严重的褪绿斑和环斑。
病毒病害的防治主要通过种植抗病品种、无毒苗木生产，控制传播介体来进行。
二、真菌病害
1．叶部主要病害
黑莓叶锈病：病原是紫色多孢锈菌 (Phragmidium violaceum (Schutlz) Winter)，病害发生相当普遍，遍布欧洲及中西部地区。病毒防治主要是培育抗病品种，结合化学防治，杀菌剂主要为代森锰锌和三唑酮。
橙锈病：是一种重要的、毁灭性的系统侵染病害，病原是悬钩子裸双孢锈菌 (Gymnoconia peckiana)，美国北部直立黑莓受害比较严重：叶刚伸展时，叶小而畸型，秋天叶片变黄前叶片的背面出现许多橘黄色的水泡，约2周后，在叶片上留下黄色管状物，病害防治比较困难。
晚黄锈病： 病原是美国膨痂锈菌 (Pucciniastrum amelicanttm)，主要侵染红树莓、树莓和黑莓的杂交种，在寄主生长后期发生，病叶的叶面覆盖着橘黄色的孢子层，后变成棕色，最后脱落，果实上也可以形成孢子，云杉属植物是其转主寄主，一般在大气污染的情况下易发生。
霜霉病：病原是霜霉属真菌(Peronospora rubi)和P．sparsa)，野生和栽培的黑莓上及树莓和黑莓的杂交种上都有该病发生，症状基本相同：叶子上形成有棱角的紫红色裂纹，边缘淡黄色，随即分散在叶子表面，通常下部叶发病较重、并伴随有无性孢子。在新西兰和南非，该病又称为干果病，果实发育缓慢，成熟期异常不一致，防治方法主要为栽植抗病品种和化学防治。
2．茎部主要病害
梢枯病：枝条坏死和枝条梢枯是栽培黑莓上一种常发的、重要的病害，病原是日规壳属真菌(Gnomonia rostellata)，病株的树皮上出现暗紫色的椭圆形病斑，逐渐联在一起，形成大面积的坏死斑。
煤污病：病原是Geastrumia polystigmatis，主要发生在美国等地。
炭疽病：病原是覆盆子痂囊腔菌(Zlsinoe veneta)，在欧美等地均有发生，茎上出现浅棕色的裂斑，病斑边缘红色，病情严重时，病菌长满茎秆，秋天患病的茎秆呈灰色，冬天感病可能死亡。春天当芽长到6mm时喷药，开花前再喷一次药能控制病害的发生。
溃疡病：是黑莓上的常见病，发病率高达100％。 病原菌主要有： 拟茎点霉 (Phomopsis vepris)、 小球腔菌属 (Leptosphaeria coniothyium)、日规壳属真菌 (Gnomonia rubi)、 葡萄座腔菌属 (Botryosphaeria obtusa)、葡萄座腔菌(且 dothidea)。防治方法主要为化学药剂防治。
轮枝菌萎蔫病： 由轮枝孢属真菌 (VerticiUium albo-atrum)引起，该病菌寄主范围广，为土壤传播病害，因此防治主要通过轮作和土壤熏蒸。
3．花和果的主要病害
灰霉病：病原是灰葡萄孢(Botrytis cinerea)，灰霉病是一种很普遍的病害，病菌在气温低、天气潮湿时从花器侵入，到果实成熟时表现症状，灰霉病的防治主要采用化学防治，但由于病菌对杀菌剂的抗药性问题，在药剂的选择上应注意轮换用药。
丛簇病：又称双花病，是南美黑莓上一种很重要的病害，病原是小尾孢属真菌 (Cercosporella rubi，不同的品种感病程度不同，因此在防治上主要采用种植抗病品种和化学防治。
4．根部主要病害
根部病害主要为根腐病，病原是茄丝核菌 (Rhizoctonia solani) 和疫霉属真菌 (Phytophthora fragariae)，在欧美等地普遍发生。通过轮作、土壤消毒等方法防治。
三、细菌及植原体病害
1．细菌病害
木质部难养菌(Xylella fastidiosa)：木质部难养菌是一种只生活在木质部的寄生菌，能引起葡萄皮尔氏病以及苜蓿、杏、柑橘、桃树和一些森林树种的病害，是由刺吸韧皮部细胞的叶蝉传播的，黑莓也是该菌的寄主。
火疫病：1977年美国人Ries-SM等人在伊利诺斯州的无刺黑莓上发现火疫病：病原为 Erwinia amylovora。病茎水渍状，紫黑色，髓坏死，病果浅棕色，皱缩，坚硬，但不落果。
根癌病：欧洲黑莓种植园内的黑莓几乎都受到根癌土壤杆菌 (Agrobacterium tumefaeiens)的侵染，老桩上出现菌瘿，其防治也比较困难，主要采用生物防治。
2。植原体病害 70年代在荷兰和意大利等国发现了类似病毒病的植原体病害，90年代中期科学家利用PCR和RFLP技术检测，认为黑莓上的植原体属于16sRNA组。研究还发现，正像寄生于人与动物的类菌原体致病性的表达一样，植原体必须到达寄主的膜才能表现出致病性。
黑莓上除了上述主要病害外，还有大量零星发生的病害，包括线虫等，在不同的种植区病害的种类也各不相同。充分利用现代实验技术和手段，明确病害发生的原因及相关因素，对防治病害、提高黑莓产值和产量具有重要的意义。
