蘑菇栽培中若菌种带有病虫害，培养料没有发酵彻底或覆土消毒不严，会将病菌及虫卵带入菇床；菇房墙壁、地面、床架及空气中存在有大量病菌孢子通过自然传播都会使蘑菇发生病害虫。
蘑菇病虫害综合防治贯彻的原则是“预防为主，综合防治”，要做到“消灭传染源，切断传播途径，控制发病条件，治疗发病区”具体的综合防治措施如下：
1、把好菌种质量关。选用高产、优质、抗病虫害能力强，抗逆性强的菌株。若随意引种没经过审定的菌株，就会有传播病虫害的危险，特别是传播蘑菇病毒病的危险。用于栽培的磨菇菌种一般应由专业菌种厂生产供应，如省地、县各级蘑菇菌种站等，这样可确保使用优质菌种，优势菌种一般应具备菌龄适宜，生活力强，不带病虫害等特征，外观色泽洁白，打开菌种瓶，可闻到蘑菇香味，凡是菌龄过长，菌丝萎缩，吐黄水，色泽暗淡，或菌丝严重徒长，以及有绿色黑色或桔红色等杂菌孢子的菌种都是不合格的菌种，不可采用。
受螨类危害的菌种其特征是瓶肩部分的菌丝萎缩，菌丝非常暗淡，甚至培养料面也看不到菌丝。瓶壁微热后会发现有许多螨类爬动，这样的菌种也要淘汰。
2、做好培养料的发酵及覆土消毒工作。
培养料用的稻草要求新鲜、干燥、无霉变，粪肥要经烈日暴晒，以减少病虫害；培养料常采用前、后两次发酵，发酵前培养料成分配比要适当，酸碱度及含水量适宜，经过充分发酵既可杀死粪草中的病虫和杂菌，又可制成优质培养料，使蘑菇菌丝易定植生长，使蘑菇菌蝗体生长健壮，增强自身的抗病虫杂菌能力。
覆土也是传播病虫害的主要媒介，消毒覆土是预防许多病虫害的关键措施。覆土材料一般应取距地表15厘米以下的土，这样可减少或避免将土中病虫害带入菇房，覆土采集后在烈日下暴晒至干燥状态，使用前用10%的石灰水均匀调水，再用10%甲醛加1%敌敌畏喷到覆土中，用薄膜覆盖好，进行熏蒸灭菌杀虫二天，用时再摊开晾1~2天，待甲醛挥发后使用。
3、做好菇房的清洁卫生工作，菇房位置应远离垃圾场，猪牛棚等病虫较多的场所。菇房在使用前除了做好常规清洁卫生外，应进行一次全面消毒杀虫工作：①栽培床架喷一次波尔多液或漂白粉液；②菇房的墙壁、地面、床架及周围空间用千分之一多菌灵加0.5%敌敌畏喷雾；③整个菇房用甲醛按每立方米10毫升甲醛，2克高锰酸钾的量或每立方米2~4克气雾消毒盒的量密闭熏蒸12小时，另外，菇房的门窗最好装上纱门、纱窗，以防害虫飞入。
4、做好蘑菇栽培的管理工作。①根据各地的气候条件适时播种；②做好菇房保温工作，以避免高温和冻害；③加强菇房水分管理。根据栽培情况，使菇房保持一定温度；④注意菇房通风透气；⑤蘑菇在栽培过程中要经常检查床面，发现有病虫出现或有异常气味要及时处理；如空气不流通的潮湿覆土易产生褐色石膏霉，干的培养料表面易产生黄霉菌，培养料中氨气含量高易产生白色石膏霉、粪污鬼伞、橄榄绿霉、黄霉菌，培养料温度低易产生腐质霉；黄霉菌；⑥菇房一定要保持清洁，摘除的病菇及污染的培养料要及时处理，不宜久留。
5、采用适当的化学防治措施。①在菇床覆土后，土地及周围空间喷千分之一甲醛水溶液或多菌灵液可有效防治多种病害发生。②每隔一月在菇房喷一次千分之一甲醛水溶液或多菌灵液。③发现病虫需要用药时，对不同的病虫害，选择使用合适的农药、用药量及用药时间，以避免防治无效，或发生药害或造成蘑菇污染或人畜中毒等不良后果。④发现鼠害及时药除或捕捉。
