在双孢蘑菇栽培中有时会发生褐斑病，导致双孢蘑菇的质量和产量降低。
双孢蘑菇褐斑是由托兰斯假单孢杆菌引起的，因此又称作双孢蘑菇细菌性褐斑病。该病原菌存在于双孢蘑菇的覆土材料中，其含量极少。用常规方法很难检测出来，但它却能使双孢蘑菇严重感染病，进而降低经济效益。
该病目前防治存在着困难，其一是有些杀菌剂对病原菌无杀伤能力；其二是有些杀菌剂对双孢蘑菇菌丝有毒性。经研究者们筛选发现拌棉醇能有效地防治此病。它对病原菌杀伤力强，作用稳定，且对双孢蘑菇菌丝尚未见毒性表现。另外该病还可采用其他药剂防治，如菇床上一旦出现病菇要及时清除，集中处理，然后喷洒1：500倍50％的多菌灵或代森锌。除了化学药剂防治外，还可采用生物防治，即利用双孢蘑菇病原菌的拮抗菌来抑制该病发生。目前以筛选分离出与原病体近缘的拮抗菌——荧光假单孢杆菌制剂，这就为该病的防治开辟了新的途径。除了上述防治措施外，还应从加强栽培管理入手，严格掌握好出菇环境条件，避免菌盖积水和土面过湿；同时降低出菇的空气相对湿度，这样也能收到较好的效果。
