番茄猝倒病发生于苗期。幼苗受害后，茎基部呈水浸状病斑，病部很快变黄褐色，并缢缩呈线状，由于病情的迅速发展，可在子叶尚未凋萎之前，幼苗即折倒。有时幼苗尚未出土，胚茎和子叶就已经腐烂。苗床开始发病仅个别幼苗表现病症，并以此中心向周围扩展，湿度大时，幼苗成片猝倒。病苗残体表面及附近床面长出白色絮状菌丝。
主要防治措施是进行开展苗床土消毒。土壤植物病菌重要的越冬场所，存在着大量的病原菌，特别是用带菌田土做苗床土，更容易携带病菌。为减少番茄苗期病害的发生，必须彻底做好苗床土壤消毒工作。常用的药剂有代森锌、多菌灵、拌种双、福尔马林等。具体方法：一是用50％多菌灵或40％拌种双，每平方米8—10克，如前配成药土施用；二是用福尔马林熏蒸，在播种前2—3周，为床土耙松，浇洒100倍液的福尔马林，每平方米床土用药液2—4千克并用塑料布或用麻袋覆盖4—5天，然后揭去覆盖物耙松处理过的床土。2周后，待药液充分挥发后可播种；三是有条件的，可采用蒸汽加温处理，进行苗床土消毒。发现少量病苗时，应拔除病株，撒施少量干土或草木灰去湿，适当通风排湿；及时分苗，并进行局部施药，抑制病害发展。可选用的药剂有：75％的百菌清可湿性粉剂600倍液，或64％杀毒矾M8可湿性粉剂500倍液，或72.2％普力克水剂400—600倍液浇灌，每平方米2—3升，隔7—10天1次，视病情防治1—2次。
