无菌包装是将无菌食品用无菌包装容器进行包装，这二者的有机统一构成完整的无菌包装。
(1)包装容器及辅助器具的灭菌方法
包装容器用以包装产品，而辅助器具则是为进行正常包装所需的装置或工具等，它们都应是无菌的，即凡与包装物相接触的物品都应进行灭菌处理。常用的灭菌方法有以下几种：
药剂灭菌：它是利用能使有害微生物致死，而对人体无害的化学药剂灭菌，如过氧化氢(双氧水)、乙醇等。以双氧水使用多。在使用双氧水灭菌时，其浓度为25～30%，温度为60—65％，操作时，可将物品在双氧水中浸渍，或将双氧水喷射于物品上，再稍微加热；用乙醇灭菌时，可配制成75%的溶液浸渍或喷洒于物品。用药剂灭菌的基本要求是无残留量。
过热蒸汽灭菌：这是利用温度为130～160℃的过热蒸汽喷射于需灭菌的物品，在数秒钟即可完成灭菌操作，但仅适用于耐热物品，如金属制品、玻璃制品等。
紫外线灭菌：紫外线能使微生物细胞内核蛋白分子构造发生变化而引起死亡。波长在250~260nm左右的紫外线灭菌能力最强。使用时，只需将紫外线照射于需灭菌物品表面即可，但需根据紫外线灯管的功率确定照射距离和时间。紫外线灭菌最为简便，无药剂残留、效率高、速度快；但若照射不到则不能灭菌。
被包装物品的灭菌方法
低温灭菌：又称巴氏灭菌，灭菌条件为6l～630℃，30min，或72~75℃，15~20min。可直接作用于物料，亦可将食品充填于蒸煮袋后浸渍于热水中。此法所需时间较长，对热敏性食品不宜采用。
高温灭菌：灭菌条件为85～90℃，3~5min，或95℃，12min，此方法需时较短，效果较好，有利于产品保质。主要可杀灭酵母；霉菌、乳酸菌等。
超高温灭菌：灭菌条件为120～140℃，l—2s。此法效果最好，食品质量几乎不变，生产效率很高。多用于流体食品，如牛奶、果汁等的灭菌，也可将食品装袋后，浸渍于此温度的热水中灭苗。
紫外线灭菌：紫外线对液体料的灭菌效果较理想，使用时，可使液体料，如饮料、牛奶等以薄层状通过紫外线照射区，即可灭菌。
远红外线灭菌：远红外线的热效应可以灭菌，它可以直接照射食品，也可在食品装入塑料袋后给以远红外线照射灭菌。
微波灭菌：微波能使物质中的水分子振动、摩擦而发,使微生物受热致死以起到灭菌作用。微波可用于液态、固态物品的灭菌，包装好的物品置于微波场中，在极短时间内即可完成灭菌过程。此法灭菌快，效率高，应用范围广，操作简单，但应注意防止微波泄漏。
