平菇发酵料栽培具有生料栽培的工艺简单、投资少和熟料栽培的安全可靠等特点，只要掌握了发酵技术，就可以在不消耗能源，不增加灭菌设备的前提下，以任意规模堆积发酵。发酵料堆积时产生的高温能杀死料中大部分杂菌害虫，而且发酵更利于平菇菌丝发菌，所以利用发酵料栽培是近期平菇生产的发展方向。制作好平菇发酵料，应掌握以下重要环节。
一、拌料建堆
建堆场所最好是紧靠菇房的水泥地面，并且排水良好，避风向阳，水源干净、便利。建堆时，先将料混合均匀，加足水分至培养料含水65％～70％（将发酵过程中的水分损失计入其中），然后将料堆成宽1.0～1.3米，高1.0～1.5米，长度不限，料堆四周尽可能陡一些，建堆时将料抖松抛落。建堆后，用木棒（直径5厘米左右）在料堆上插通气孔，每隔0.2米插一孔，以利通气发酵，然后用塑料薄膜或草帘、稻草等覆盖。
二、适时翻堆
平菇发酵多在春秋堆制，建堆后48～72小时应进行翻堆。翻堆时必须将料松动，以增加料中含氧量，同时把堆中心的料翻出来，四周的料翻入中心，以便培养料均匀发酵，全部发酵过程大约6～8天，翻堆3～4次。时间不应过长，否则会大量消耗养分；当然，时间太短发酵不充分，达不到发酵目的。
三、发酵料质量的检查
在预定时间内（建堆48小时左右）若能正常升温60℃以上，开堆时可见适量白色菌丝，表示含水适中，发酵正常。如建堆后迟迟达不到60℃，可能培养料过紧过实或因未插通气孔等原因造成堆料通气不良，不利于放线菌生长繁殖。遇此情况应及时翻堆，将料堆摊开晾晒或增加干料至含水适量，再重新建堆发酵。如果堆料升温正常，但开堆时培养料呈白化现象，水分散失过多，可用80℃以上的热水，拌匀后重新发酵。发酵好的料有芳香味，pH值在6.5～7之间。
