选择砧木 不同砧木的耐旱、耐寒、抗病性等都有很大差异，可根据不同的栽培目的和方式选用相应砧木。例如，瓜类砧木冬季栽培可选择低温伸展性好的黑籽南瓜；夏季栽培可选择新土佐系南瓜品种；耐热、耐湿栽培可选择丝瓜、白菊座南瓜；耐旱耐盐栽培可选择黑籽南瓜、冬瓜以及印度南瓜。
选择嫁接方法 果菜类的嫁接方法最基本的有插接、劈接、靠接等，由此又衍生出许多新的嫁接方法。插接和靠接均是在幼苗破心前后进行，主要应用于瓜类蔬菜。其中，接穗苗小、下胚轴细的多用插接；接穗苗大、下胚轴粗细与砧木相近的则采用靠接法。劈接是在砧木很大，甚至成龄时进行，主要利用于茄果类。生产和科研中到底应用哪种方法好，则要根据操作者的熟练程度、蔬菜种类、嫁接时期、嫁接后管理的难易、定植时的作业情况及砧穗的种类而定。
确定育苗时间 砧木及接穗的育苗时间要根据二者的生长特性及要采用的嫁接方法而定。例如，黄瓜与黑籽南瓜采用插接法嫁接时，黑籽南瓜应比黄瓜提早播种5~7天；采用靠接法嫁接时，黄瓜应比黑籽南瓜早播5~6天。
嫁接后苗期管理 嫁接苗床需要保持空气相对湿度在90％以上，所以需要在苗床浇足底水，然后采用塑料小拱棚进行覆盖。为防止温度过高，应遮阴3~7天。当幼苗心叶不再萎蔫或有新叶长出时，苗床可适度通风、降温，并逐步增加光照。嫁接8天左右，可以完全撤除遮蔽物。
