对抗藻类之生长几乎是不可能的,大部份藻类的孢子只有数毫米大(1 mm ,等于千分之一公尺)，通常在新鱼或新水草进入水族箱时，也会将这些孢子带进来，另外在换水时也可能引进孢子。因此，我们只得假设水族箱之中会有大量的藻类，纵使眼睛看不到它们，但它们只是伺机等待合适的状况，大量的繁殖。
在过去数年之间，我们由一些热带国家中，尤其是亚洲国家，引进的鱼类及水草数量增加，因此也为我们的水族箱添加了许多热带藻类，这些藻类不论是在大自然或在水族箱的温度中，都可以找到适合其生长的绝佳环境。
保护水族箱不受藻类寄生的最佳方法，就是预防藻类生长环境的发展。因此我们会建议在水族箱最初，就密集种植生长迅速的水草，如此水族箱在这紧要关头上，才能尽快地进入状况。一旦水族箱内出现了大量的藻类，就表示水族箱中的系统一定是出了问题了，相反地，水族箱中若是种植妥当，且水草强壮的话，几乎很少会出现藻类的。但实际情况却很少如此。我们有过太多的例子，持续的忽略藻类所形成的问题，因此毁去了水族箱养殖的乐趣。
对抗藻类第一个方法就是多去了解藻类及它和水草之间的关系。首先我们要知道藻类也是一种水生植物，但其结构比其它水族箱内的水草简单。原则上这二类植物对光线、温度及营养均有相同的需要。当然，最后在水族箱之中一些微小的差异就可以决定出水族箱环境究竟是适合水草生长或利于藻类生存。
由于水草及藻类生存需求相似，所以可以了解的是，它们二者在养分上是竞争对手。因而我们可以将藻类视为一种寄生虫。因为它们会和水草竞争食物及空间。如果水草的生长环境中，只要有一方面不完全，或是养分的供给不平衡，水草会马上生长迟钝，而此时藻类就会进攻，并自发性地繁殖，胜过其他的高等植物。
水族箱设立后的短时间之内，会出现最大的藻类危机，是其最关键的时刻。因为在这段建构初期，水族箱内生物功能尚未能理想的发生作用，同时新栽入的水草也必须发育其根部才能开始生长，所以它们也不能全力地进行合成作用，自然也就无法全力地维护自己的生命。
● 蓝藻
蓝藻最容易在水族箱初设时出现。它们具有特别的危险性，因为它们生长得非常迅速， 对于仍无法维持自己生命的水草而言，蓝藻更会形成一层脂膜，抑制水草呼吸，我们常称这种皮膜般的外皮为薄膜藻类(Smearalgae)，其颜色常为蓝绿色，偶尔亦为黑、紫或棕色。一开始时，我们应尽量以机械性方法将这些藻类弄走，虽然这不太可能，因为只要有少量残余藻类，它们就可以在短时间之内再次成长成大群的藻类。而不幸的是，目前并无任何已知的鱼类或蜗牛可用来作为蓝藻的生物天敌。目前市面上有贩售一些化学物质，可作为紧急对付蓝藻之用。
● 红藻
除了蓝藻之外，水族箱中几乎没有任何一种藻类会比这种所谓须状藻、刷状藻或枞藻的红藻类更具破坏力。这种藻类会攻击植物、石头及小块石头。须状藻会长出一种长须，主要攻击叶缘及茎部。而刷状藻会在叶面、根及茎上形成浓密的刷状物质，其生长方式与草坪极为相似。
这些藻类的颜色均为暗绿色，其红色多被掩盖住，但是若放在酒精内，则藻类的线状物就会现出红色。幸运的是，在鱼类之中，我们有一名帮手帮助我们对抗这些藻类：泰国飞狐对须状藻具有特别的破坏力，但前提是这种鱼尚未被水族箱内其他的佳肴宠坏。在此我们也应指出，若使用化学物质来对付藻类，也必须该化学物质不会对植物有害，且可改善植物的生长才有意义。
● 褐藻
棕矽藻甚少像蓝藻或红藻一般，在水族箱中大群地出现。但一旦大群出现的话，它们的外形是棕色脂状膜片，很少是绒状。这种藻类的出现最常见的原因是光线不良，而使植物的 合成作用也随即不佳。水中含氧量过低也会使这种藻类的生长加快。通常只要改善水族箱的 光照情形，这些藻类会在很短的时间之内消失。
● 绿藻
绿藻很少在水族箱中形成群落，它们通常是清澈的绿色，或是亮绿色。它们的生存需求和高等植物较为接近。辨认时可见其绿色（大部分尚是亮绿色），我们可用手或其他工具将这些藻类移走，因为这些藻类的外形多为棉花状、线状或刷状。
● 鱼类对抗藻类
在水族箱初设立之时，我们可以在水族箱内放入以藻类为食的鱼类，作为预防藻类生长 的方法之一。
● 藻类的紧急处置
但是如果水族箱之中，已长满了成群的蓝藻或绿藻，则养鱼人在短时间之内可以用化学物质来对抗藻类，但使用时务必小心。我们必须考虑到这些化学物质在不同的浓度之下，不仅会杀死藻类。也可能同时对其他水族箱内的水草造成伤害。依其特性，这些化学物质在稀释的状态之下可以攻击藻类，而仅在高浓度时会对水草产生伤害。所以在使用这些杀藻剂时，应遵守使用说明，并按照处方所指示的浓度使用。
我们知道。所有对抗藻类的方法成功与否和养鱼人息息相关。他是否经由换水及营养盐的添加使得水族箱中水草再次复活，也唯有如此水族箱内的系统才可以对藻类的再次侵袭产生免疫力。
● 藻类的预防--预防胜于治疗
时间及理想的水草生长，是预防藻类生长的最佳方法。水草是藻类的天然营养竞争者，但是由于水族箱是完全不同的结构，所以我们极可能忽视这些容易出现的藻类，尤其是在水族箱内磷酸盐量过高时，如果再加上过量的硝酸盐，则水族箱无异是多藻类最营养的生长温床。
水族箱中往往会因生物的分解作用，而磷酸盐含量达到5-10mg／l(大自然水域的磷酸盐含量约在0.01一1.0 mg／l之间)。虽然过高磷酸盐对水草的伤害尚未了解，但却会导致潜在性的藻类大量生长。因为蓝藻、须状藻及刷状藻等都是磷酸盐的爱好者。定期测试磷酸盐含量可预防危险的发生，而定期换水及种植成长快速的水草则是预防藻类生长的最佳方法。
1、 一簇绿的丝藻，在某种情况下看起来非常吸引人，但一般而言，它是水族箱中不受欢迎的客人，然而要消灭它却是非常的困难。
2、 红藻可利用食苔鱼来去除。
3、 薄膜藻类在水族箱中具有褐色外膜。
4、 绿色丝藻的外观具有很长的细胞，含有许多的细胞核。
