1.缓冲系统：在没有离子存在时,电导率最小,DNA不迁移,或迁移极慢,在高离子强度的缓冲液中,电导很高并产热,可能导致DNA变性,因此应注意缓冲液的使用是否正确.长时间高压电泳时,常更新缓冲液或在两槽间进行缓冲液的循环是可取的.2.琼脂糖：不同厂家、不同批号的琼脂糖,其杂质含量不同,影响DNA的迁移及荧光背景的强度,应有选择地使用.
3.凝胶的制备：凝胶中所加缓冲液应与电泳槽中的相一致,溶解的凝胶应及时倒入板中,避免倒入前凝固结块.倒入板中的凝胶应避免出现气泡,影响电泳结果.
4.样品加入量：一般情况下,0.5cm宽的梳子可加0.5μg的DNA量,加样量的多少依据加样孔的大小及DNA中片段的数量和大小而定,过多的量会造成加样孔超载,从而导致拖尾和弥散,对于较大的DNA此现象更明显.
5.电泳系统的变化会影响DNA的迁移,加入DNA标准参照物进行判定是必要的.
6.DNA样品中盐浓度会影响DNA的迁移率,平行对照样品应使用同样的缓冲条件以消除这种影响.
7.DNA迁移率取决于琼脂糖凝胶的浓度,迁移分子的形状及大小.采用不同浓度的凝胶有可能分辨范围广泛的DNA分子,制备琼脂糖凝胶可根据DNA分子的范围来决定凝胶的浓度.小片段的DNA电泳应采用聚丙烯酰胺凝胶电泳以提高分辨率.
