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逆转录PCR实验重要要素详解

   2024-01-15 上海抚生实业有限公司核心提示: RT-PCR就是逆669
核心提示: RT-PCR就是逆转录PCR(reverse transcription PCR)或者称反转录PCR(reverse transcription-PCR, RT-PCR),是聚合酶链式……(世界食品网-www.shijieshipin.com)
 RT-PCR就是逆转录PCR(reverse transcription PCR)或者称反转录PCR(reverse transcription-PCR, RT-PCR),是聚合酶链式反应(PCR)的一种广泛应用的变形。在RT-PCR中,一条 RNA 链被逆转录成为互补DNA,再以此为模板通过PCR进行DNA扩增。逆转录(reverse transcription)是以RNA为模板合成DNA的过程,即RNA指导下的DNA合成,逆转录实验包括3大要素,分别是引物、逆转录酶和RNA模板:
1. 引物:逆转录引物主要有3种,包括 Oligo(dT)、Random Primers和基因特异性引物(GSP)。其中Oligo(dT)具有12-20个T碱基,并且与真核生物mRNA的3’Poly A尾配对,可合成全长的cDNA,但仅扩增有polyA尾的mRNA ,对模板质量要求高,较适合克隆实验。而Random Primers具有6-9个碱基,可随机识别模板并结合,适合复杂结构和微量模板,但特异性低,小片段多,适合后续qPCR实验。基因特异性引物可以识别特定模板序列,具有特异性强,灵敏度高的特点,但需合成特定的序列。所以根据不同实验需求可进行相应引物的选择。
2. 逆转录酶:一种是来自纯化的禽成髓细胞瘤病毒(AMV),由两条肽链组成,具有聚合酶活性和很强的RNaseH活性,它最适温度是42℃,最适pH8.3,在高反应温度时可消除 mRNA的二级结构对逆转录的阻碍,然而高水平的RNaseH的活性既抑制cDNA产生也限制其长度。另一种来源于鼠白血病病毒(M-MLV),是单肽链的,有RNA聚合酶活性和相对较弱的 RNaseH活性,最适温度37℃,最适pH7.6,较弱的RNaseH活性对获得2-3kb的mRNA的全长cDNA有很大好处。
3.RNA模板:通常利用紫外分光光度计检测纯度,要求A260/280=1.9~2.1,A260/230=2.0~2.2。利用琼脂糖凝胶电泳检测RNA的完整度,完整的总RNA在进行琼脂糖凝胶电泳时会产生清晰的28S和18S rRNA条带(真核样品),28S rRNA条带的强度应当大致为18S rRNA条带的两倍,并且无gDNA和蛋白残留。





 
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