大肠菌群主要包括肠杆菌科中的埃希氏菌属、柠檬酸细菌属、克雷伯氏菌属和肠杆菌属。这些属的细菌均来自于人和温血动物的肠道，需氧与兼性厌氧。不形成芽泡，在35—39℃条件下，48h内能发酵乳糖产酸产气，革兰氏阴性。大肠菌群中以埃希氏菌属为主，埃希氏菌属被俗称为典型大肠杆菌。大肠菌群都是直接或间接地来自人和温血动物的粪便。本群中典型大肠杆菌以外的菌属，除直接来自粪便外，也可能来自典型大肠杆菌排出体外7—30 d后在环境中的变异。所以食品中检出大肠茵群，表示食品受到人和温血动物的粪使污染，其中典型大肠杆菌为粪便近期污染，其他菌属则可能为粪便的陈旧日污染。
大肠菌群最初作为肠道致病菌而被用于水质检验，现已被我国和国外许多国家广泛用做食品卫生质量检验的指示菌。大肠菌群的食品卫生学意义是作为食品被粪便污染的指示菌，食品中粪便含量只要达到10-3mg/kg即可检出大肠菌群。
一股认为，作为食品被粪便污染的理想指示菌应具备以下特征：
①仅来自于人或动物的肠道，并在肠道中占有极高的数量。
②在肠道以外的环境中，具有与肠道病原菌相同的对外界不良因素的抵抗力，能生存一定时间，生存时间应与肠道致病菌大致相同或稍长。
③培养、分离、鉴定比较容易。
大肠菌群比较符合以上要求。然而由于大肠菌群在低温条件不适宜生长，特别是在冰冻条件下容易死亡，所以用大肠菌群作为冷冻食品的粪便污染指示菌并不理想。由于肠球菌对冷冻条件有强的抵抗力，因而有人主张以它作为冷冻食品的粪便污染指示菌更为合适。
肠道致病菌如沙门氏菌属和志贺氏菌属是引起食物中毒的重要致病菌、然而对食品经常进行逐批逐件地检验又不可能，鉴于大肠茵群与肠道致病菌来源相同，而且一般在外环境中生存时间也与主要肠道病原茵一致，所以大肠茵群的另一个重要食品卫生学意义是作为肠道病原菌污染食品的指示菌。当然食品中检出大肠菌群，只能说明有肠道病原茵存在的可能性，两者并非一定平行存在，但只要食品中检出大肠菌群，则说明有粪便污染，即使无病原菌．该食品仍可被认为是不卫生的。
