实验室管理运行是依据各种文件展开的，管理运行也会产生大量的文件，对文件的控制是实验室有序运行的一项基础性工作。对文件的控制应做到以下6个方面：
1）文件应有唯一性标识。所有文件，无论是整套还是单行本，即使是一个表格，都应有唯一性编号，做到唯一性管理，防止混淆、误用和丢失。
2)文件发布之前应进行审核并批准。发布文件是需要大家理解并执行的，所有文件批准之前应进行审核，审核后批准发布。实验室在文件发布方面，应规定好谁编制、谁审核、谁批准，不能失控。
3）定期审查文件，必要时进行变更。文件不可能第一版发布就很圆满，编制出的文件在执行过程中会出现不适宜、不充分的情况；经过实际运行，也需要变更和改进。通过定期审查文件，发现和变更不适宜的地方，使其更加成熟、适用。实验室应规定，谁定期审查文件，什么时候审查？要有记录，必要时变更。
4）识别文件变更和当前修订的状态。文件变更时，需要填写变更申请单，经过负责人审查批准后再去实施变更。如果文件发生了变更，就应注明文件变更和修订的状态，是第一次修订，还是第二次、第三次修订？不至于产生混淆。
5)在使用地点应可获得适用文件的相关版本，必要时，应控制其发放。文件是工作的依据，会随时使用、随时参考。所以，文件使用人、使用地点应获得相关文件。不同的岗位需要文件的不同，文件发放是有对象之分的，应予以控制。
6）防止误用无效、作废文件。作废文件应该及时作废和回收，但也有一些作废文件是作为资料保存的，应有“作废”标识；如果留用作为前后两种版本的对比或参考，应加盖“作废”标识予以明示，防止误用。
对文件的控制和管理，有助于管理体系规范运行，便于对实验室活动的复现和溯源，也是实验室证明自身能力的重要依据，实验室有必要持续做好相关工作。
