水样采集和保存的主要原则：(1)水样必须具有足够的代表性；(2)水样必须不受任何意外的污染。
既然水样的采集和保存这么关键，那对于水样的采集和保存，有什么样的要求呢？又有哪些是需要注意的？
一、水样的采集
1、首先要选择好具体的采样位置，避免周围环境对采样器或采样装置进水口的污染，包括采样者手指污染的可能性也要防止。
特别是采集微生物指标的水样，使用前要求严格无菌，因此就要对容器进行干热或湿热灭菌处理。曾有朋友弱弱抱怨，这些前处理工作不仅增加了工作量，也增加了实验室的仪器维护、安全保障等压力。
事实上，这些工作并非一定如此。因为，必要的是灭菌的容器，而不是容器灭菌工作。
2、采样前，应让水放流数分钟，特别是采集自来水或具有抽水设备的井水时，以冲去水管或采样装置管线并积留的杂质。
3、水样采得后应立即在盛水器(水样瓶)上贴上标签或在水样说明书上作好详细记录。水样说明书内容应包括水样采集的地点、日期、时间、水源种类、水体外观、水位高度、水源周围及排出口的情况、采样时的水温、气温，气候情况，分析目的和项目、采样者姓名等等。
二、水样的保存
水样采集后，应尽快进行分析检验。某些项目还要求现场测定(如水中的溶解氧、二氧化碳、硫化氢、游离氯等)。但由于各种条件所限(如仪器、场地等)，往往只有少数测定项目可在现场进行(温度、电导率、pH值等)，大多数项目仍需送往实验室内进行测定。
因此，水样的保存是个很重要的问题。水样在采集后，如不妥善保存，水中所含物质发生物理的、化学的和生物学的变化是很普遍的。
对于水样保存的方法主要有以下几种：
1、冷藏或冰冻保存
原则上讲，从采样到分析的时间间隔应越短越好。水样若不能及时进行分析，一般应保存在5℃以下(大约3～4℃左右为宜)的低温暗室内。这样可使生物活性受到抑制，生物化学作用显著降低。
2、加入保存药剂
水样保存的另一种方法是加入保存药剂。加入的方法可以是在采样后立即往水样中投加化学药剂，也可以是事先将化学药剂加到盛水器里。对保存药剂的一般要求是，有效、方便、经济并且应对测定无干扰和无不良影响。不同水样和不同的被测物要求使用不同的保存药剂
三、采样的注意事项
1、微生物：同一水源、同一时间采集几类检测指标的水样时，先采集供微生物学指标检测的水样。采样时直接采集，不得用水样刷洗已灭菌的采样袋，并避免手指或其他物品对袋口的沾污。
2、理化指标：采样前先用水样荡洗采样器、容器和塞子2-3次。
3、水龙头水的采集：应注意采样时间，夜间可能析出可沉渍于管道的附着物，取样时应打开龙头放水数分钟，排除沉积物。采集用于微生物学指标检验的样品前应对水龙头进行消毒。
4、采样时不得搅动水底沉积物。
5、注明水样编号、采样者、日期、时间及地点。
