任何形式的组织结构均有其优点和缺点，作为小微型检验检测机构，通常采用的是直线职能制，由最高管理者直接领导技术负责人、质量负责人及各部门负责人，同时，技术运作的职能由技术负责人承担，质量管理的职能由质量负责人承担，各部门负责人承担本部门的管理职能。
直线制组织结构有其较为明显的优缺点。主要优点：1)结构简单、责任明确、决策迅速、命令统一；2）最高管理者对全部工作可行使决策权、指挥权和监督权，有利于提高工作效率；3)上下级关系明晰，组织中的每一个人只对直接上级负责或报告工作，减少了相互协调。主要缺点：1）权力高度集中，独断专行，组织发展会受到个人能力限制；2）对最高管理者较为依赖，不便于人才培养和调动员工积极性。
在组织结构设计时，应充分地发挥其优点，但也应该有意识地克服其缺点。
（1）职能职责要清晰。职能，各部门承担的特定的工作类型，职能分配要合理。职责，就是个人应承担的工作任务和责任，应清晰界定。两者都应明确清晰，不能含糊不清，需要在《质量手册》中予以阐明。
（2）权力授权要合理。内部能不能顺畅运行，授权很重要。检验检测机构授权，主要是对技术负责人和质量负责人的授权，各自应有相应的决策权，可减轻最高管理者的工作量，运行也会更顺畅。
（3）相互关系要明确，上下级隶属关系，平级之间协调关系都应设计、明确好，尽量减少模糊地带。在组织内部，每个人都应有一个正规的沟通渠道，避免相互交叉和重叠。
各机构在组织结构设计时，往往更多关注了分工，忽视了内部关系的设计，这也是很多机构有了合理的组织结构却运行并不顺畅的原因。
