细菌分类学上，肠球菌属早期并不存在，现今的一些菌种本归属于链球菌属,1989年，依据Facklam和Collins的分类，肠球菌属内包括十二个种及一个变异株，它们是：
粪肠球菌（E.faecalis） 屎肠球菌（E.faecium)
鸟肠球菌(E.avium) 酪黄肠球菌(E.casseliflavus)
坚忍肠球菌(E.durans) 鸡肠球菌E.galinarum)
芒地肠球菌(E.mundii) 恶臭肠球菌(E.maladoratum)
希拉肠球菌(E.hirae) 孤立肠球菌（E.solitarius）
棉子糖肠球菌(E.raffinosus) 假鸟肠球菌(E.pseudoavium)
粪肠球变异株(E.faecalis var)。
粪肠球菌为该属中最常见的即为代表种。该属通常指粪便来的可以用氮钠分离鉴定的一群革兰氏阳性球菌。由于肠球菌的菌种均含有Lancefield的D群抗原，亦称D群粪肠球菌或D群肠球菌。肠球菌的DNA G+C含量33%-39%mol。
肠球菌普遍存在于自然界，一般栖居在各种温血和冷血动物的腔肠，甚至昆虫体内，也是健康人体的上呼吸道，口腔或肠道的常居菌。本菌可以引起心内膜炎，胆囊炎，脑膜炎，尿路感染及伤口感染等多种疾病。在人类粪便中的数量仅次于大肠菌群，每克成人的粪便中约含２×108个。由于此污染指示菌比较大肠杆菌对外界环境温度适应性强、抵抗力强及耐受性强，甚至可以与多种抗生素相抵抗和生长营养要求不高，因此在自然界分布广，存活力持久。在无粪便污染的环境中较大肠菌更易发现，所以，即使检出肠球菌也没有粪便污染的指示作用。此外，即使在冷冻，干燥性和经中等强度加热处理的食品中检出肠球菌也不能提示肠道致病菌的存在，因为肠球菌比沙门氏菌，致病性大肠杆菌抵抗性及存活率均高。
食品微生物检验主要针对在１０℃和４５℃下可生长发育的粪肠球菌与屎肠球菌，二者在生化特性、ＤＮＡ杂交结果有明显不同。在４５℃条件下，用含叠氮钠成分的培养基检测此类指示菌是其主要特征。
目前该菌多作为生活饮用水，管道水和一些水质的指示菌。卫生学家认为，肠球菌类似于大肠菌群的生态活动，但其对恶劣的外环境和冷冻条件具有较强的抵抗力，作为监测水质卫生，环境卫生质量的污染指标更具有卫生学意义。另据有关报道，大量的（１０9以上）肠球菌可以引起食物中毒，作为一个有卫生学意义的细菌（该菌的污染在某些食品中也常被发现），有些国家已经制定了针对肠球菌污染限量标准，大多制定在０／克～１０5／克范围内。从预防食物中毒方面，保障人民身体健康考虑，借鉴国外标准，制定适宜的污染限量指标，应尽快摆到议事日程上来。
二、生物学性状１、形态与染色
肠球菌属的细菌为革兰氏阳性球菌，多数菌种成双或呈短链状排列；一般无芽胞，无荚膜，少数菌种有鞭毛，陈旧培养物或在厌氧状态下有时呈革兰氏阴性。
２、培养特性
在普通琼脂及麦康凯琼脂上形成小菌落，在血琼脂上形成较链球菌稍大的菌落，光滑、较湿润、易乳化，依据种的不同，α、β或γ溶血均可出现。在液体培养基中呈均匀浑浊生长，也较易形成长链。需氧或兼性厌氧，最适生长温度37℃，最适pH为4.7-7.6，属内各菌种均能在６.5%氯化钠肉汤,pH9.6葡萄糖肉汤及４５℃生长，个别菌种在50℃时生长快。
３、抗原结构
Lancefied血清系统属D群，其特异性抗原决定簇是位于细胞壁中的甘油壁酸，本质上是多糖类，含有N-乙酰己糖胺。
４、生化反应
过氧化氢酶呈阴性，能分解葡萄糖、麦芽糖生成酸，多数菌株分解甘露醇；胆汁七叶苷水解、万古霉素敏感性及咯烷基芳基酰胺酶均为阳性；耐一定程度的酸碱、耐盐和４０％的胆盐；结合Ｄ群抗血清进行血清学鉴定可用来区分肠球菌与链球菌，乳球菌属。依据甘露醇、山梨醇、山梨糖产酸及精氨酸脱氨基四个关键性的生化生理实验，可将肠球菌分为三个群。
三、肠球菌属主要检测步骤如下：
检样
↓
AC培养基
36℃ ↓ 48±3h
↓ ↓
（推断试验阴性） （推断试验阳性）
↓
AC培养基
45±0.5℃↓ 48±3h
↓ ↓
(确定试验阴性) (确定试验阳性)
↓
葡萄糖琼脂
36±1℃ ↓48±3h
单独集落
↓
葡萄糖肉汤
↓
↓ ↓
6.5%氯化钠葡萄糖 葡萄糖琼脂斜面
36±1℃↓48±3h 36±1℃↓24±2h
↓ ↓
↓ 过氧化氢酶(-)
↓ 革兰氏阳性球菌
↓ ↓
-----------------
↓
(完全试验阳性)
