1、按照培养基的成分来分：培养基按其所含成分，可分为合成培养基、天然培养基和半合成培养基三类。
（1）合成培养基。合成培养基的各种成分完全是已知的各种化学物质。这种培养基的化学成分清楚，组成成分精确，重复性强，但价格较贵，而且微生物在这类培养基中生长较慢。如高氏一号合成培养基、察氏（Czapek）培养基等。
（2）天然培养基。由天然物质制成，如蒸熟的马铃薯和普通牛肉汤，前者用于培养霉菌，后者用于培养细菌。这类培养基的化学成分很不恒定，也难以确定，但配制方便，营养丰富，培养效果好，所以常被采用。
（3）半合成培养基。在天然有机物的基础上适当加入已知成分的无机盐类，或在合成培养基的基础上添加某些天然成分，如培养霉菌用的马铃薯葡萄糖琼脂培养基。这类培养基能更有效地满足微生物对营养物质的需要。
2、按照培养基的物理状态分：培养基按其物理状态可分为固体培养基、液体培养基和半固体培养基三类。
（1）固体培养基。是在培养基中加入凝固剂，有琼脂、明胶、硅胶等。固体培养基常用于微生物分离、鉴定、计数和菌种保存等方面。用于微生物分离，鉴定，计数。如图，微生物分离成菌落、菌苔。
（2）半固体培养基。是在液体培养基中加入少量凝固剂而呈半固体状态。可用于观察细菌的运动、鉴定菌种和测定噬菌体的效价等方面。用于观察微生物运动特征。如图，左侧试管中微生物不运动，而右侧试管中微生物运动，因而两试管中现象不同。
（3）液体培养基。液体培养基中不加任何凝固剂。这种培养基的成分均匀，微生物能充分接触和利用培养基中的养料，适于作生理等研究，由于发酵率高，操作方便，也常用于发酵工业。用于观察微生物生长状态。如图，此例中左侧为表面生长，右侧为沉淀生长，中间两个为均匀混浊生长。
3、按照微生物的种类分:培养基按微生物的种类可分为细菌培养基、放线菌培养基、酵母菌培养基和霉菌培养基等四类。
（1）常用的细菌培养基有营养肉汤和营养琼脂培养基。
（2）常用的放线菌培养基为高氏1号培养基。
（3）常用的酵母菌培养基有马铃薯蔗糖培养基和麦芽汁培养基。
（4）常用的霉菌培养基有马铃薯蔗糖培养基、豆芽汁蔗糖（或葡萄糖，葡萄糖比较昂贵）琼脂培养基和察氏培养基等。
4、按照培养基用途分:培养基按其特殊用途可分为加富培养基、选择性培养基和鉴别培养基。
（1）基础培养基。是含有一般微生物生长繁殖所需基本营养物质的培养基。牛肉膏蛋白胨培养基是最常用的基础培养基。
（2）加富培养基。是在基础培养基中加入血、血清、动植物组织提取液制成的培养基。用于培养要求比较苛刻的某些微生物。
（3）选择培养基。是在普通培养基中加入特殊营养物质或化学物质，以抑制不需要的微生物的生长，有利于所需微生物的生长。用于将某种或某类微生物从混杂的微生物群体中分离出来。
