原因一：高温高压灭菌锅工作压力不够
压锅在灭菌过程中产生的最大压力不够，不能将小倒管内的气体挤出，导致灭菌后任留有小气泡。此外，高温高压灭菌锅若是温度上升缓慢或者达不到灭菌温度，也会出现类似现象。
使用检查灭菌效果的用品－压力蒸汽灭菌指示卡，对高温高压灭菌锅的灭菌情况进行监测。
原因二：试管塞塞得太紧
在灭菌时，试管塞塞得太紧（有些硅胶塞与试管不配套）会导致试管内压力与灭菌锅内压力不一致。当灭菌锅升温升压时，锅内压力会大于试管内压力，试管内压力不够，不能将小倒管内气体排尽，就留有气泡；当灭菌锅降温降压时，锅内压力小于管内压力，可能会使试管塞和培养基崩出，培养基报废。
改用塑料帽、不锈钢管帽，或者与试管相匹配的硅胶塞。
原因三：小倒管口太小
小倒管在加热加压后，一方面液体培养基要进入小倒管，另一方面小倒管内部的空气要被排出，如果小倒管管口太小，液体不容易进去，里面的空气不容易被排出，就会导致有小气泡生成。
改用开口比较大的倒管。
原因四：培养基质量引起一系列问题
由培养基质量引起的气体不能排尽或培养基含有高温高压分解产气的成分。灭菌时用水做培养基组的对照试验，若培养基组有气泡，而对照组没有气泡，可确定是有此原因引起。
改用其它培养基。
原因五：过早打开灭菌锅
当灭菌锅压力表示数为0而温度表示数还高与室温时，不要打开灭菌锅。因为打开锅盖瞬间，锅内大量热量散出，温度突然降低，试管内温度也随着降低，导致管内气压减小，沸点降低，部分水会汽化留在小导管内。
等灭菌锅内气压和温度都降到与室温一致或相差不大时再打开灭菌锅。
最后
尽量不要采用将灭菌后的试管颠倒或大角度倾斜的方式，使小倒管内气体排出。此种方法可能会导致培养基通过试管口或试管塞受到污染，或者导致试管内液体流出。
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