1、食品细菌
自然界已知的细菌按细菌的形态、营养型和染色反应划为19个部以及以下的目、科、属、种等。由于食品理化性质、所处外界条件与加工处理等因素的限制，在食品中存在的只是自然界细菌的一部分。一般将此种在食品中存在的细菌，称为食品细菌。其中包括致病性、相对致病性和非致病性细菌。非致病性细菌是评价食品卫生质量的重要指标，也是食品腐败变质的原因、过程和控制方法研究中的主要研究对象，而且这些细菌往往与食品出现特异颜色、气味、荧光、磷光以及相对致病性有关。如假单胞菌属、需氧的革兰氏阴性无芽胞杆菌、微球菌属等，这些细菌分解食品中各种成分，使PH上升并产生各种色素，导致食品腐败变质。
2、菌落总数
食品中细菌数量通常以每克或每毫升食品的细菌数目而言，不考虑种类。由于所用检测计数方法不同而有两种表示方法。一种是在严格规定的条件下（样品处理、培养基及PH、培养温度及时间、计数方法等），使适应这些条件的每一个活菌细胞必须而且只能生成一个肉眼可见的菌落，结果称为该食品的菌落总数。另一种方法是将食品经过适当处理（溶解和稀释），在显微镜下对细菌细胞数进行直接计数，其中包括各种活菌，也包括尚未消失的死菌，结果称为细菌总数。
天然食品内部没有或很少有细菌。食品细菌主要来自产、储、运、销等各环节的外界污染。水体每毫升可有几万至几十万，一滴牛奶中约有5千万个左右。食品中细菌数量越多则会加速腐败变质，甚至可引起使用者不良反应。如果食品中活菌达到107～108个/克时，表明该食品已进入腐败，可能会引起食物中毒。
3、大肠菌群
大肠菌群包括肠杆菌科的埃希氏菌属、柠檬酸杆菌属、肠杆菌属和克雷伯菌属。这些细菌来自于人与温血动物肠道。大肠菌群的数量，我国采用最近似数表示，简称大肠菌群MPN(maximum probable number)，这是按一定方案检验结果的统计数值。所谓一定检验方案：采用样品3个稀释度各3个管的LST发酵法。并根据各种可能不同的检验结果，查MPN检索表，报告每克（毫升）大肠菌群的可能数。
食品中捡出了大肠菌群，表示食品曾受到人与温血动物粪便的污染，大肠菌群数的高低，表明了食品被粪便污染的程度，粪便内除一般正常的细菌外，同时也会有一些肠道致病菌存在，所以，大肠菌群也是作为肠道致病菌污染食品的指示菌。
4、腐败变质
食品腐败变质是以食品本身的组成和性质为基础，在环境因素的影响下，主要由微生物的作用所引起；是食品本身、环境因素和微生物三者互为条件、相互影响、综合作用的结果。
食品本身的组成和性质，如宰杀后一定时间内，所含酶类继续进行某些生化反应使其发生各种改变；组织细胞膜碎裂为微生物侵入提供条件（细碎的肉糜等促进了食品的腐败变质）；食品营养成分组成、水分多少、PH高低和渗透压大小等，对食品微生物增殖速度有重要影响，从而决定食品的耐藏与易腐及腐败变质的过程和特征。
由于肉类制品营养丰富，水分活度较高，易受微生物污染。由于微生物繁殖造成了肉制品腐败变质，如细菌在繁殖过程中会产酸、产气，有些致病性菌还会释放出毒素，包装食品会发生涨袋，食用了这样的食品会因起食物中毒。
5、控制污染
微生物污染的渠道多，因素很复杂，涉及产、储、运、销等各环节都会造成污染，主要从5个方面加以控制。
①、原辅料控制：原料肉应当选用政府定点屠宰企业生产的产品，应有卫生检验检疫合格证明，进口原料肉必须经出入境检验检疫部门检验合格，不得使用非经正常屠宰死亡的畜禽肉及非食用性原料。辅料应符合国家标准及有关规定，严禁使用不合格的原辅料及未经证明不安全的原辅料。如果使用的原辅料为实施生产许可证管理的产品，必须选用获得生产许可证企业生产的产品。
②、加工过程的温度控制：在肉制品加工过程中，应严格控制原料肉、半成品和成品的温度，防止由于温度升高造成肉品腐败及微生物污染与繁殖。
③、工艺流程设计：车间布局与工艺流程的设计应合理，热加工区应为生料加工区与熟料加工区的分界线，能使生熟分开。生料加工区和熟料加工区应分别设置工作人员入口、更衣室和洗手消毒设施，杜绝操作人员流向与物料流向不合理造成的交叉污染。
④、原料库、辅料库、成品库：应干燥、清洁，防鼠防蝇，温度应满足工艺要求。
⑤、人员：车间工作人员须穿着洁净的工作服、工作鞋、工作帽并佩戴口罩，工作帽应罩住全部头发，工作服应定期清洗消毒。
