天平称量不准确、计算称量错误导致配制培养基的浓度不正确，都有可能导致岀现部分沉淀。
二、水质不佳
多数培养基的制备需要使用纯化水、去离子水配制，而天然水中含有含有较多的矿物盐离子，若错误的使用了自来水，矿泉水配制，或使用的纯化水离子未除净，都有可能导致培养基灭菌后岀现浑浊现象或沉淀（磷酸盐含量高的培养基更易出现此类问题。
三、培养基pH不正确
偏酸或偏碱的pH有可能使培养基中的部分金属离子产生沉淀。
四、容器不干净
新开封的容器或容器清洗不干净，内壁留有杂质，都会导致灭菌后的培养基中有杂质出现。
五、培养基本身有沉淀
培养基配方中无机盐成分较多，或培养基本身含有不溶性成分，灭菌后会有沉淀存在，此为正常现象，不影响使用。例如MC、TTB、BS等，配方中含有不溶物，灭菌后有沉淀。
六、溶解不充分
培养基灭菌前应充分搅拌热至完全溶解，方可进行灭菌。若灭菌前未将培养基溶解完全就进行灭菌处理，灭菌后易出现絮状或团块状沉淀，如 Fraser培养基含有大量磷酸盐，若灭菌前未进行充分溶解，灭菌过程中磷酸盐易结成块灭菌后不溶解。
七、灭菌方式不正确或灭菌过度
含有不耐热成分的培养基，若灭菌过度或加热过度，都有可能导致灭菌后的培养基颜色不正确或岀现沉淀。如亚硒酸氢钠胱氨酸増菌液(SC)，正常制备好的培养基应为淡黄色透明液体，澄凊无沉淀，若加热过度则培养基中亚硒酸氢钠分最终制备的培养基会出现红色沉淀。
八、添加剂加入时温度不正确
卵黄、血液等对温度敏感的添加成分，若加入时温度过高或温差过大，易岀现凝块或絮状沉淀。
