肠杆菌科有一些共同特性，比如都是革兰氏阴性小杆菌，好氧或兼性厌氧，没有芽孢。
| 属 | 代表种 | 致病性 |
| 埃希氏菌属 （Escherichia） | 大肠埃希氏菌 (E.coli) | 肠道外感染， 急性腹泻 |
| 志贺氏菌属 （Shigella） | 痢疾志贺氏菌 (Sh.dysenteriae) | 细菌性痢疾 |
| 爱德华氏菌属 （Edwardsiella） | 迟纯爱德华氏菌 (E.tarda) | 蛇类等血动物的正常肠道寄居菌，偶见于健康人或腹泻者粪便内 |
| 沙门氏菌属 （Salmonella） | 伤寒沙门氏菌 (S.typhi) | 肠热症、急性肠炎、败血症 |
| 枸橼酸杆菌属 (Citrobacter) | 弗劳地氏枸橼酸杆菌 (C.freundii) | 条件致病菌，引起继发性感染 |
| 克雷伯氏菌属 (Klebsiella) | 肺炎克雷伯氏菌 (K.pneumoniae) | 肺炎，泌尿系、创伤感染 败血症等 |
| 肠杆菌属 (Enterobacter) | 产气杆菌 (E.aerogenes) | 很少引起原发性感染 |
| 哈夫尼亚菌属 (Hafnia) | 蜂窝啥夫尼亚菌 (H.alvei) | 对人无致病性 |
| 沙雷氏菌属 (Serrati) | 粘质沙雷氏菌 (S.marcescens) | 条件致病菌，引起泌尿系， 呼吸道及创伤感染 |
| 变形杆菌属 (Proteus) | 普通变形杆菌 (P.vulgaris) | 食物中毒，泌尿系、呼吸道感染 等 |
| 耶尔森氏菌属 (Yersinia) | 鼠疫耶尔森氏菌 (Y.pestis) | 鼠疫 |
| 欧文氏菌属 (Erwinia) | 草原居民欧文氏菌 (E.herbicola) | 植物寄生菌，曾从人体肠道及化脓扁桃体中分离到 |
