根霉菌（Rhizopus）在显微镜下顶部呈蘑菇状，内含孢子，即包囊孢子，菌体细长。根霉的适宜生长温度是30~37℃，40℃也能生长。根霉在生长时，由营养菌丝体产生匍匐枝，匍匐枝的末端生有假根，在假根处长出成群的孢子囊梗，顶端孢子囊产生许多孢子 。成熟的囊孢子从破裂的囊壁释放出来，散布各处进行繁殖 。
根霉菌还是条件致病菌，通常对人体无害，食用甜酒药及糖化饲料就是选用此菌制备的，可引起食品霉变，也可导致实验室污染。
菌落特征
菌落：生长快，开始为白色棉花样菌丝充满斜面，以后变为深灰色。
镜检：菌丝不分隔，有营养菌丝，分生孢子椭成丛状生长，顶端膨大，谓之生芽头，外有孢子囊，襄内有密集孢子囊孢子。
根霉菌是真核生物，其核有核膜包围，具各种细胞器。根霉菌是真菌其菌丝体类型为单细胞多核（无膈），以包囊孢子繁殖。
另外在根霉麸皮成曲的生产中可看到的厚壁孢子，是根霉菌丝体内原生质浓缩而形成的抵抗不良环境的一种繁殖器官，一旦遇到适宜的条件即可直接发芽生长成菌丝体。
生长条件
根霉是需氧型微生物，在整个培养过程中必须供给充足的
氧，否则就会影响繁殖和生长。根霉菌喜欢在微酸性环境中生长，其最适pH范围为5-5.5。根霉菌对营养条件的要求也不是很高，试管菌种一般用米曲汁或马铃薯蔗糖琼脂培养基，二级曲种和大批曲生产，麸皮就是最好的培养基，一般不需另加营养物质。
生长繁殖
根霉菌丝没有横隔膜，一般认为是单细胞的真菌。根霉在培养基上生长时，由营养菌丝体产生弧形的匍匐菌丝，向四周蔓延。匍匐菌丝接触培养基处，分化成一丛假根(类似根状菌丝)，吸收养料。从假根处丛生出直立的孢囊梗，梗的顶端膨胀形成圆形的囊，称为孢子囊。孢子囊里面有许多孢子，称为囊孢子。
成熟以后的囊孢子从破裂的囊壁上被释放出来，散布各处，或随风飘扬，遇有机会，即温度、水分及营养条件适宜处就开始繁殖。
酶系特点
根霉含有丰富的淀粉酶，一般包括液化型和糖化型淀粉酶，两者的比例约为1：3.3，而米曲霉则为1：1，黑曲霉为1：2.8。可见小曲的根霉中糖化型淀粉酶特别丰富。尽管由于液化型淀粉酶的活力较低而使糖化反应速度降慢，但它的最大特点是糖化型淀粉酶丰富，能将大米淀粉结构中的α-1，4键和α-1，6键打断，最终较完全地转化为可发酵性糖，这是其他霉菌无法相比的。
根霉细胞中还含有酒化酶，具有一定的酒化酶活力，能边糖化边发酵。这一特性是其他霉菌所没有的。由于根霉具有一定的酒化酶，可使小曲酒整个发酵过程中自始至终能边糖化边发酵连锁进行，所以发酵作用较彻底，淀粉出酒率进一步得到提高。
分布范围
根霉菌是常见的霉菌，在空气、土壤中，以及各种器具表面都有它的孢子存在。
主要应用
根霉的用途很广，其淀粉酶活力很强，能产生乳酸、反丁烯二酸、琥珀酸及微量酒精，还能产生芳香的酯类物质。食用甜酒药及糖化饲料就是选用此菌制备的。已知的根霉有多种，由土壤及五谷分离出来的根霉菌的糖化力远不及酒药中分离出的活力强。
在酿造上根霉扮演着重要角色。我国小曲酒，是以根霉为主的霉菌类为糖化剂。根霉菌在生命活动中能产生糖化酶，将淀粉转化成糖，所以它是酿酒工业的糖化菌。
根霉菌还可以处理造纸污泥生产乳酸，以及生产富马酸。
主要危害
根霉菌为条件致病菌，可引起食品霉变，致病的有匍枝根霉、小孢根霉、少根根霉和米根霉等。 在日常生活中，它也常会引起淀粉质食品如馒头、面包等发霉变质，也能引起蔬菜霉烂。
常用菌种
3866、3851：由中国科学院微生物研究所提供。具有糖化发酵力强的特点，适用于小曲酒的生产。
Q303：由贵州省轻工业科学研究所分离。它具有糖化发酵力强、生长速度快、性能稳定的特点，适用于小曲酒生产。
YG5-5：由重庆永川酒类研究所（简称酒研所）诱变、分离。具有糖化发酵力强、生酸少、生长速度快、性能稳定的特点，适用于小曲酒的生产。
