废液的处理
食品微生物实验室废水来自有致病菌的培养物、洗涤水以及其他诊断检测样品等。对于实验室产生的废水，应尽快消毒灭菌，严防污染扩散，要加强污染源管理。
废液处理方法有化学药剂法和热力消毒灭菌法。根据不同的处理对象和处理要求采用不同的方法对废液进行处理。
(一)化学药剂法
化学消毒药剂按其杀菌由强到弱可分为灭菌剂、消毒剂、抑菌剂。废水化学法消毒最好采用相关发生器、虹吸投药法或高位槽投药法，也可以在废水入口处直接投加。投放液氯用加氯机，投放二氧化氯用二氧化氯发生器，投放次氯酸钠用发生器或液体药剂，投放臭氧用臭氧发生器，投放过氧化氢用过氧化氢发生器。
(二)物理热力法
生物安全实验室物理热力法废液处理系统是通过加热方式连续对废液进行消毒灭菌处理的，目的是使废液在尽可能短的时间内得到处理，避免引起污染扩散。
连续式废液消毒灭菌是一种对生物性废液进行灭菌的新技术，主要运用于生物安全实验室废液的处理。实验室产生的废液通过双层排水管道从废液入口进入缓冲储液罐，产生的废气经过高效过滤器除菌后从透气管排出。当液面达到一定的高度时，废液出口阀门自动打开，同时启动流速控制泵。将废液以设定流速压入预加热/冷却柜进行预加热处理，之后进入电加热灭菌器，在灭菌器内废液通过电加热灭菌盘管进行高温灭菌。已灭菌的废液再进入预加热/冷却柜经缓冲管后进行冷却，冷却后的废液通过排污口排出。如需如此处理，则通过回流管回流至储液罐，或直接进行再次连续处理。预加热/冷却柜通过热交换器，使已灭菌的高温废液对进入的待处理废液进行预加热，同时自己得到冷却，以节约能源。与传统的储罐式灭菌技术相比，连续废液消毒在效率、有效性、安全性和节约成本等方面都有了很大提高。
（三)混合处理法
对于生物安全实验室来说，其实验的对象种类较多，需要对废液进行不同的处理，适用于采用化学药剂和物理热力混合法处理系统。该系统将热力法连续废液灭菌系统与化学药剂处理装置结合，对废液进行热力灭菌处理和化学药剂处理，还可对灭菌系统内管道进行化学消毒。
(四)第二级废水处理系统
第二级废水处理系统可以处理经生物安全实验室内第一级废液处理系统处理后排出的废水,还可以处理来自食堂、洗澡池、卫生间、洗手盆的一般生活污水及普通实验过程中排放的无致病性微生物，但含有其他化学污染物的废水。第二级废水处理系统具备有效去除酸碱、重金属、有机溶剂及杀灭一般微生物的功能，使处理后的水质达到排放或中水回用的标准。
第二级废水处理系统的原理及工艺流程如下：来自生物安全实验室的废水经隔油器除油，同生活污水经由孔径为10mm的格栅除去较大的固体漂浮物后，汇集到调节池进行混合处理，再经直径2mm~5mm的格栅处理，除去直径大于5mm的固体漂浮物，进入初沉池。沉淀后上清液流入生化处理池进行生化处理，再经二次沉淀池沉淀后进入接触池进行最后处理，符合GB 8978《国家污水综合排放标准》后排放。
废气的处理
食品微生物实验室的排风、仪器设备(生物安全柜、通风柜等)的排气会带有致病微生物，这种废气如果直接排放到实验室外，将会感染人群及动物，引起流行病暴发，严重威胁人类生命健康。因此，实验室产生的废气，经过严格消毒处理后方可排放。
食品微生物实验室的污染废气主要来自实验室空调通风系统、生物安全柜、负压通风柜、干/湿热消毒灭菌器、离心机排风罩等易产生带菌、带毒气溶胶的设备的排风，以及焚烧炉排放的烟尘等。
对安装的送排风系统的实验室总体要求是控制实验室的气流方向和压力梯度，使通过初效、中效、高效三级过滤器后的气体由清洁区流向污染区；室内采用上送下排，使污染区和半污染区的气流死角和涡流降至最小程度；特别要指出的是，要确保实验室空气只能通过高效过滤器经专用排风管道排出。第一级高效过滤器应安装在实验室排风管道的前端(其他通风设备同理).若需加装第二级排风高效过滤器，应将其串接在离第一道高效过滤器后500 mm以远至排风机之前的地方(选择易维护、易操作和易更换的地方，如排风机技术夹层)。高效空气过滤器的安装与更换应牢固、符合气密性要求，并应由有资质的技术人员来进行。通常高效过滤器在更换前应经过消毒灭菌，或采用可在气密袋中进行过滤器更换的位置。坐应急处理时维修人员应身着防护服，更换下来的高效过滤器应立即进行消毒或焚烧。每个高效过滤器在安装、更换、维护后都应进行检测，运行期间要进行日常监视，并根据实际情况定期进行检测，以确保其性能。应能控制实验室排风系统与其他排风设备(生物安全柜、负压通风柜、动物负压隔离器、离心机排风罩等）排风的压力平衡和响应速度匹配。应安装自动联锁装置，确保实验室内不出现正压和确保其他排风设备气流不倒流。实验室的排风应经高效过滤后由排风机向空中排放。外部排风口应远离送风口，并设置在主导风的下风向，应至少高于所在建筑屋面2m以上，应有防雨、防鼠、防虫设计，但不影响气体直接向上空排放。在送风和排风总管处应安装气密性密封阀，必要时可完全关闭以进行室内或风管化学熏蒸或循环消毒灭菌。
固体废弃物的处理
固体废弃物是指人类在生产、建设、日常生活和其他活动中产生的，且对所有者在一定时间和地点已不再具有使用价值而被废弃的固态或半固态物质。
《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》(中华人民共和国主席令第三十一号， 2004年12月29日)中规定了工业固体废物和生活垃圾污染环境的防治，并对危险废物污染环境的防治做出了特别规定。
食品微生物实验室的固体废弃物来源于实验器材废物、含有传染性生物因子的废弃样本和培养物、废弃的感染动物、实验室废弃的空气净化材料等。食品微生物实验室产生的废弃物属危险废物，不能回收利用，必须经灭菌处理后丢弃或焚烧处置后填埋。固体废物由于不适当地处理、储存、运输、处置或管理上的疏忽，会对人体健康或环境造成显著的威胁。应按照《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》的规定进行污染废物的收集、运输、储存。
所有弃置的样本、培养物和其他生物性材料应弃置于专门设计的、专用的并有标记的用于处置危险废弃物的容器内，并集中存放在指定地点。在从实验室取走之前，应通过高压灭菌、化学消毒或其他被认可的技术进行处理，然后置于密封的容器中，分类做上标记，由专人安全运出实验室。生物废弃物容器的充满量，不能超过其设计容量。利器(包括针头、小刀、金属和玻璃等)应直接弃置于耐扎容器内。培养物必须经121℃ 30min高压灭菌。
载玻片上的活菌标本应装于密闭容器中进行高压灭菌，或经3%来苏尔溶液或5%石炭酸溶液浸泡24 h后方可丢弃。染菌后的吸管，使用后放入5%煤酚皂溶液或石炭酸液中，最少浸泡24h(消毒液体不得低于浸泡的高度)再经121℃30 min高压灭菌。涂片染色冲洗片的液体，一般可直接冲入下水道，致病菌的冲洗液须冲在烧杯中，经高压灭菌后方可倒入下水道。做凝集试验用的玻片或平皿，必须高压灭菌后才能洗涤。打碎的培养物，立即用5%煤酚皂溶液或石炭酸液喷洒和浸泡被污染部位，浸泡30 min后再擦拭干净。污染的工作服或进行致病菌检测所穿的工作服、非一次性的实验帽和口罩等，应放入专用消毒袋内，经高压灭菌后方能洗涤。
实验室应确保由经过适当培训的人员，使用适当的个人防护装备和设备处理危险废弃物。不允许积存垃圾和积存实验室废弃物，已装满的容器应及时封存，在去污染或最终处置之前，应存放在指定的通常在实验室区内的安全地方。
