在各种水体，特别是污染水体中存在有大量的有机物质，适于各种微生物的生长，因此水体是仅次于土壤的第二种微生物天然培养基。水体中的微生物主要来源于土壤，以及人类的动物的排泄物及污染。水体中微生物的数量和种类受各种环境条件的制约。
一般认为，水中微生物以革兰氏阴性杆菌占有较大优势。与其他水体相比，河水及溪水中革兰氏阳性菌相对较多，这是因为陆地微生物冲洗污染的缘故。
水体中的致病性微生物一般并不是水中原有微生物，大部分是从外界环境污染而来，特别是人和其它温血动物的粪便污染。水中常见的致病性细菌主要包括：志贺氏菌、沙门氏菌、大肠杆菌、小肠结炎耶尔森氏菌、霍乱弧菌、副溶血性弧菌等。
在实际控制中，对水质卫生质量的评价和控制，是无法对各种可能存在的致病微生物一一进行检测，而一般利用对指示菌的检测和控制，来了解水体是否受到过人畜粪便的污染，是否有肠道病原微生物存在的可能，从而评价水的质量，以保证水质的卫生安全。
目前，世界各国一般认为大肠菌群是指示水质受粪便污染较好的指示菌。
我国水质控制也采用大肠菌群作为指示菌，GB5749-2006《中华人民共和国国家标准 生活饮用水卫生标准》规定，生活饮用水中大肠菌群不得检出。
在某些情况下，水体中的细菌总数也可指示水体受粪便等污染物污染的情况。这里的细菌总数其实是指营养琼脂培养后形成的菌落总数。目前世界各国对于控制饮用水的卫生质量，除采用大肠菌群等指标外，一般还采用菌落总数这个指标。我国GB5749-2006《中华人民共和国国家标准 生活饮用水卫生标准》中规定生活饮用水菌落总数每毫升不得超过100个。
GB5750-2006《中华人民共和国国家标准 生活饮用水标准检验法》提供了水质中菌落总数和总大肠菌群的检测方法。
（一）菌落总数的检测：
国家标准中，菌落总数是指1ml水样在营养琼脂培养基中，于36℃±1℃经48h培养后，所生长的菌落总数。
对生活饮用水，直接吸取1ml水样于平皿中，加入营养琼脂后混匀，36℃±1℃培养48h，进行计数。
对水源水，根据情况对样品进行10倍梯度稀释，选择适宜稀释液1ml，加注平皿，营养琼脂混匀，36℃±1℃培养48h，进行计数。
按照规定格式报告每毫升水中菌落总数。
（二）总大肠菌群的检测：
国家标准中，利用总大肠菌群作为粪便污染的指标。总大肠菌群是指一群需氧及兼性厌氧的，36℃±1℃生长时能使乳糖发酵，在24h±2h内产酸产气的革兰氏阴性无芽胞杆菌。水样中总大肠菌群数的含量，表明水被粪便污染的程度，而且间接地表明有肠道致病菌存在的可能。
国家标准提供了多管发酵法及滤膜法检测总大肠菌群的方法。
多管发酵法检测总大肠菌群，分为三步：初发酵试验，平板分离，复发酵证实试验。初发酵试验，采用乳糖蛋白胨培养液37℃培养24h，观察产酸产气情况。对阳性管培养物，接种于品红亚硫酸钠培养基或伊红美蓝培养基，观察菌落特征，并进行革兰氏染色和镜检。对典型和可疑菌落，接种于乳糖蛋白胨培养液，进行复发酵证实试验，并根据标准所附检数表报告结果。
其中，对生活饮用水，初发酵试验接种水样总量300ml，即100ml接种2管，10ml接种10管，采用两个稀释度，12支发酵管。对水源水，初发酵试验接种水样总量55.5ml，即10ml接种5管，1ml接种5管，0.1ml接种10管，共采用三个稀释度，15支发酵管。两种接种方法，所用的检数表是不同的。
滤膜法检测总大肠菌群，就是利用微孔滤膜，过滤一定量水样，将水样中含有的细菌截留在滤膜上，然后将滤膜帖放在选择性培养基上（如品红亚硫酸钠培养基），经培养和证实试验后，直接计数滤膜上生长的典型大肠菌群菌落，并计算出每升水样中含有的总大肠菌群数。
1．菌落总数测定中，应选择合适的稀释度进行。生活饮用水，国家标准规定每毫升不得超过100个，因此可以直接吸取1毫升到平板进行培养。
2．总大肠菌群的测定方法，由于饮用水和水源水可能的污染程度不同，因此采用不同的接种量，检数表也不相同。
3．当接种量超过1毫升时，一般采用多倍浓度培养液。如配制3倍浓缩乳糖蛋白胨培养液50mL，加入100mL水样后，总体积为150mL，培养液恢复到正常浓度。
4．滤膜法检测总大肠菌群，一般在检测较大量低浊度水样时采用，大量水样滤过滤膜后，水中所含有的所有细菌均截留在滤膜上。
