阴离子酸杀菌剂作用迅速并能杀灭多种细菌。它们稳定性好，作用温度范围广，并且不受水的硬度影响。杀菌操作可与酸清洗结合进行。这些杀菌剂对未加保护的金属有腐蚀作用，在CIP设备中起泡太多，高pH时杀菌效果较差，价格也比卤素杀菌剂高。阴离子酸杀菌剂的杀菌作用是通过表面活性剂的反应来实现的，即通过离子吸附并穿透带正电荷的细菌细胞壁，破坏细胞功能。
过氧乙酸在乳业、饮料以及食品加工企业的CIP杀菌过程中受到越来越多的关注。这种杀菌剂具有快速、广谱的杀菌效果，其原理是基于对细胞膜中组分的氧化反应。由于该方法比碘和氯杀菌剂的腐蚀性弱而减少了设备表面的坑点。过氧乙酸可用于酸清洗循环中以减少流出物放电，同时它它还是可生物降解的化合物。因为这种杀菌剂对酵母——如假丝酵母(Candida)、酵母菌(Saccharomyces)、汉逊氏酵母(Hansenula)和霉菌如青霉菌(Penicillium)、曲霉(Aspergillus)、毛霉(Mucor)和白地霉(Geotrichum)均有效，已获准在软饮料和啤酒工业中使用。过氧乙酸对铝制酒桶灭菌效果很好。该杀菌剂用量在125～250ppm。这些杀菌剂的优点如下：
·对热和有机物稳定，性质温和，只要加热过程中不超过100℃就不会降低使用效果。
·低泡性——适用于CIP设备。
·无选择性，能杀灭各种细胞。
·可用于大多数食品处理表面（低毒性——遇水、氧气和乙酸则分解）
·具有快速、广谱杀菌效果（可杀灭细菌、酵母和霉菌）
·适用pH的范围广
·对生物膜有效
·杀菌与酸漂洗可同时进行。
缺点是成本高，有气味，有刺激性，会腐蚀铁和其它金属，存在有机物时杀菌效果将会减弱，对酵母和霉菌的杀灭效果不如其它杀菌剂。
