一、菌种的概念
食用菌的菌种，相当于高等植物的种子。在自然界中，食用菌是靠孢子来繁殖后代的，人工栽培食用菌时，孢子虽然是它的种子，但生产上都不用孢子进行直接播种，而是用孢子、组织和寄主上获得的纯菌丝体作为播种材料。因此，通常生产上所用的菌种，实质上是经过人工培养并进一步繁殖所获得的食用菌纯菌丝体。一般以试管、玻璃瓶、塑料袋等容器包装。
菌种的质量直接关系到产量的高低和栽培的成败。菌种质量好，加上合理的栽培管理，就容易获得高产稳产;菌种质量差，难于获得高产，甚至绝收。因此，优质的食用菌菌种，是广大菇农栽培食用菌获得高效益的先决条件。
二、菌种的类型
1.菌种的分级
菌种根据使用的培养基不同和用途不同，分为母种、原种和栽培种(也称生产种)三级，并相应地分别称为一级种、二级种和三级种。
(1)母种。是生长在琼脂固体培养基试管斜面上的菌种，可直接转接原种。来源有三个：用各种育种手段得到;直接从子实体本身(组织及孢子)或菇木(耳木)分离得到;从国内外引进的包装在试管或培养皿中的菌种。因母种的培养容器和使用单位多数为规格不一的玻璃试管，便于观察、鉴别，且易于保藏，也称为试管种或一级菌种。
(2)原种。是把培养好的一级菌种接种到木屑、棉籽壳、麦草、稻草、谷粒等为主的楷体培养基中扩大培养所得到的种，常以透明的玻璃瓶或塑料瓶为容器，也称为瓶装种或二级菌种。原种主要用于菌种的扩大培养，有时也可直接出菇。
(3)栽培种(生产种)。是为适应大规模栽培(生产)的需要，由二级菌种扩大培养而得到的菌种，常以塑料袋为培养容器，也称为袋装种或三级菌种。栽培种一般只用于生产，不能用于再扩大繁殖菌种，否则会导致生活力下降，菌种退化，给生产带来减产或严重损失。
2.菌种的类型
食用菌的种型主要分为固体菌种和液体菌种两类。
(1)固体菌种。是在固体斜面培养基上培养得到的菌种。根据培养原料的不同可分为下面多种：
①琼脂等菌种。常用的有琼脂、马铃薯、葡萄糖培养基(简称PDA培养基)，胡萝卜培养基等。
②木屑菌种。是以木屑为培养基主要原料制备的菌种。香菇、木耳、银耳等菇类常用木屑菌种作原种或栽培种。
③谷粒菌种。是以小麦、大麦、燕麦、黑麦、玉米、高粱、谷子等禾谷类种子为主要原料制备的菌种，其中以小麦*常用。麦粒菌种具有菌丝生长快，生活力强等优点，但要注意防止老鼠偷食。
④粪草菌种。是以粪、草为主要原料制备的菌种。粪草可以发酵，也可不经发酵。它是蘑菇、草菇等菇类常用的菌种类型。
⑤木块菌种。是以圆柱形、锥形或楔形小木块为主要原料制备的菌种。用于银耳、木耳、香菇等的段木生产和代料人造菇木生产上。
(2)液体菌种。是采用液体培养基，接入菌种，经培养而得到的菌种，菌丝体在液体中呈絮状或球状。液体菌种采用摇瓶培养和深层发酵技术培养，具有发菌快，周期短，菌龄一致等优点，但所需设施比较昂贵，目前尚未在生产上大面积应用。
